スクリプトを実行するコマンドはどこに配置しますか？

いくつかのスクリプト（python、javaなど）を実行しようとしています。ドキュメント内の開発者は、私が入れるコードを提供します。以下に例を示します。

java -Xmx2g -jar muTect-XXXX-XX-XX.jar
--analysis_type MuTect
--reference_sequence <reference>
--cosmic <cosmic.vcf>
--dbsnp <dbsnp.vcf>
--intervals <intervals_to_process>
--input_file:normal <normal.bam>
--input_file:tumor <tumor.bam>
--out <call_stats.out>
--coverage_file <coverage.wig.txt> 

または

$ sudo easy_install virtualenv

これまでに行ったことは次のとおりです。1）Windows 7では、Cygwinをインストールしました。2）Linuxベースのコンピューティング用にUbuntuをインストールしました。

私の問題：これらをcygwinに入れて、ファイルパスなどへのすべての参照を変更しようとしました。ただし、何も機能しないようです。私は何か非常に基本的な間違いをしていると思います。誰がどのように始めるかについての洞察や非常に基本的なチュートリアルを持っていますか？この種のものを見つけるためにGoogleでどの検索語を使用すればよいのかさえわかりません。

助けてくれてありがとう。

JAR（スクリプトではなくコンパイルされたプログラム）を実行するには、Java Runtime Environment（JRE）をインストールする必要があります。

JARは、通常のcmdコマンドプロンプト（Cygwinは不要）またはWindowsエクスプローラーでダブルクリックすることでも起動できます。引数を渡したいので、コマンドプロンプトから実行する必要があります。

Cygwinがインストールされている場合でも、すべてのUNIXライクなコマンドがWindowsで機能するわけではないため、これが混乱の原因になる可能性があります。

（Karenが指摘しているように）Javaランタイムをインストールしたかどうか、Pythonをインストールしたかどうかについては言及していません。Windows / Cygwinの下ですべてを行うと、本当に複雑になります。あなたが物事をよりよく理解するまで、私は今のところあなたのUbuntuボックスに固執します。Linux（Ubuntuなど）は、物事に慣れるまで、Windowsよりもコマンドラインに優しいです。

Javaアプリケーションの場合、Javaはクロスプラットフォームであることでかなり優れているため、おそらくCygwinは必要ありません。そのため、Windowsコマンドプロンプトからそのコマンドを実行してみてください。コマンドプロンプトに直接入力する場合は、複数行に渡って記述していることに注意してください。改行をスペースで置き換えて1行にする必要があります。また、コマンドは、フォルダープレフィックスを追加しない限り、コマンドの発行元のフォルダーに存在する必要がある多くのリソースファイルとコードファイルを参照します。

あなたに強くお勧めするのは、UbuntuとPythonから始めることです。Pythonはコンピューターとプログラミングについて学習するための優れた言語であり、Googleから離れたところにある非常に優れたチュートリアルが何百もあります。これらを使用すると、基本的な対話型Pythonコードの実行からファイルからのコードのロードにすばやく移動し、移動中のフォルダーについて学習します。並べ替えが完了すると、残りは適切な位置に収まり始めます。

JavaおよびPython仮想環境への移行は、もう少し高度です。