私のプロキシ設定を尊重していないようなファイルをアップロード/ダウンロードするのにjavaを使用するウェブサイト（例えばbox.com）があります。それをする方法はありますか？

サイトの他の部分はシステムプロキシ設定を介してトラフィックを通過させます。インターネットに直接アクセスしているように思われるJavaを使用しているこのイベント。

上流のハードウェアを使用してプロキシしない限り、いいえ、アプリケーションはOSではなくプロキシを選択します。

とは言っても、あなたはJavaでネットワークプロキシを使うように設定できるはずです。 configure Java [ネットワーク設定]の下にあるアプレット（Windowsの場合は[スタート]メニューを検索）。ただし、実行しているアプレットがJavaおよびブラウザのプロキシ設定を特に無視している場合は、アップストリームで設定しない限り、これらの設定を強制的に適用できません。