回答:
自己コンパイルされたバイナリはに配置する必要があり/usr/local/binます。命令が経由してそのデフォルトを変更--prefix=/usrしてVIMRUNTIMEDIR。これにより、ディストリビューションが提供するVimパッケージとの競合が発生し、それが問題の原因であると思います。
したがって、これらの特別な指示を削除して、Vimをにインストールしてください/usr/local/...。あなただけ含める必要があり/usr/local/bin、あなたにPATHそれを呼び出すために。
./configure --with-features=HUGE --enable-...; make; sudo make install