回答:
-mapオプションを使用して、ストリームを選択します。デフォルトのストリーム選択では、各ストリームタイプの1つのみが選択-mapされるため、使用する必要があります。

ffmpeg -i video.mkv -i audio.mp3 -map 0:v -map 0:a:0 -map 1:a \
-metadata:s:a:0 language=eng -metadata:s:a:1 language=sme -codec copy \
-shortest output.mkv
0:v– 0は、最初の入力を指しvideo.mkvます。vは、「ビデオストリームタイプを選択する」という意味です。
0:a:0– 0は、最初の入力を指しvideo.mkvます。aは、「オーディオストリームタイプを選択する」という意味です。最後0は、この入力からの最初のオーディオストリームを指します。のみ0:aを使用すると、すべてのビデオストリームがマップされます。
1:a– 1は、2番目の入力を指しaudio.mp3ます。aは、「オーディオストリームタイプを選択する」という意味です。
-codec copyエンコードではなくコピー(re-mux)をストリーミングします。特定のオーディオコーデックが必要な場合は、-c:v copy(ビデオを保持するために)指定してから、たとえば-c:a libmp3lameオーディオストリームをMP3に再エンコードする必要があります。
-shortest 最短の入力が終了すると出力が終了します。

ffmpeg -i vid.mkv -i aud.mp3 -filter_complex "[0:a][1:a]amerge=inputs=2[a]" \
-map 0:v -map "[a]" -c:v copy -c:a aac -strict experimental -b:a 192k -ac 2 \
-shortest out.mp4
amergeフィルターが使用されるため、この例ではオーディオをストリームコピーできません。-codec copyそれを修正しました(ffmpegの異なるバージョン)、私が持っていた他の問題は-map、間違った数のストリームについて不平を言いました。
-map 0:v -map 1:aたばかりです。私は確かに何...最初のファイル(video.mkv)からビデオを取ると、その後output.mkvを作成するために、第2のファイル(audio.mp4)からオーディオを取るために、この手段を想定していない-map 0:a:0ためです。私はそれを除外し、必要な結果を得ました。