回答:
「ビデオファイルの形式は?DVD MPEG-2の場合、HandbrakeはそれらをMP4 / M4VまたはMKVに変換できます。どちらもチャプターマーカーをサポートしています。
すでにMP4ファイルをお持ちの場合は、Sublerを使用してチャプターやMetadata Hootenannyなどを追加できると思います。」
基本的には、ハンドブレーキを使用する前にMP4でチャプターを作成する必要があると言っています。Sublerでチャプターを追加してみてください。私はSublerを試したことがないので、具体的なことはお伝えできません。
http://forum.videohelp.com/threads/311503-Video-format-with-chapter-markers