回答:
ファイルをシステムボリューム情報フォルダーに保存するのは、システムの復元だけではありません。
(http://blogs.msdn.com/b/oldnewthing/archive/2003/11/20/55764.aspxを参照)
Linuxディストリビューションを使用してWindowsフォルダーを削除できるはずです(ライブCDを使用して試してみることができます。たとえば、UbuntuをCDに焼き付けて起動することができます)。問題が発生した場合にWindowsを再インストールしてもかまわない場合は、いつでも試してみることができます。
編集:donothingloopのリンクはフォルダの目的を要約しています。また、Windowsシステムフォルダーをいじるのは決して良いことではありません。正確に何が使用されているかはわかりません。