virtualboxとvagrantによるメモリ管理

ubuntu 12.04でvirtualboxを使用してvagrantを実行しています。VMが実行されていない場合、システムのメモリ使用量は約2 GBです。swappinessを10％に、VMのメモリを1 GBに設定しました。奇妙なことに、VMを起動すると、メモリ使用量が1.5GBに低下し、短時間のフリーズが頻繁に発生します（メモリが圧縮されるため）。

なぜこれが起こるのですか？

ホストOSにはどのくらいのメモリがありますか？この情報がないと確認できませんが、あなたが説明していることから、これは大きなチャンクがRAMからSwapfile にページングされているためだと思います。