回答:
修正は次のコマンドを実行することです:
sudo rm /usr/bin/jar
sudo rm /var/lib/alternatives/jar
sudo alternatives --install /usr/bin/jar jar /usr/java/latest/bin/jar 20000
上記の手順が機能したことを確認できます。
which jar
これらの手順はかなり一般的で、他の代替アプリケーションにも使用できると思います。
詳細については、http://johnglotzer.blogspot.com/2012/09/alternatives-install-gets-stuck-failed.htmlを参照してください。