回答:
Virtualboxを使用する場合は、両方を有効にする必要があります。VT-dは直接入出力を行います。そして、Intel VirtualizationはVT-xと同じだと思います。
Virtualboxでは、64ビットのゲストOSを実行するためにVTxが必要です。VTxが利用できない場合、これらは実行されません。Anand_trexは正しいと信じています。これらの設定を複数のシステムで有効にして実行した場合、それらが害を及ぼすとは思いません(パフォーマンスまたは安定性)。ただし、2つのVTx仮想システムを同時に実行することは有害です。Virtualboxと、たとえばVMWareを同時に実行すると、少なくともWindows 7でPCがブルースクリーンされます。Windows8では、含まれているHyper-Vが、試した他のすべてのVMを追い越すことがわかりました。