回答:
ffmpeg適切なツールではないようです。通常sox、音声のみのファイルに使用します。
$ sox file1.mpg -r 44100 file1-enc.mpg
ffmpegとにかく使用したい場合は、正しいコマンドが
$ ffmpeg -i file1.mpg -ar 44100 file1-enc.mpg
sox私のためにMP3を直接操作しませんでした。インストールするlibsox-fmt-mp3
ffmpegある意味ではやり過ぎかもしれませんが、完全に適切なツールです。
-b:a 64k（trac.ffmpeg.org/wiki/Encode/MP3）のようなものを追加できます。