どちらかといえば簡単なことを達成したい（少なくともそれはそうであるように思われるだろう）。
私はまたLinuxサーバー上で自動化された方法でこれを達成したいと思います。
TrueCryptは、単一のファイルを圧縮することができないように思われるので、この場合本当に選択肢ではありません。代わりに、マウントするボリュームを作成してファイルを移動する必要があります。
この質問 アップロードを行う方法を答え、私はディレクトリを圧縮する方法を知っています。問題なのは暗号化だけです。
回答:
私は使った 実は私が使っている bcrypt これはかなりうれしいことです。 gpg 今すぐ（チェックしたばかりです。 それ 私がかかわったプロセスを自動化して以来ずっと。切り替えた理由は思い出せませんが、私は と思う 私が感じたのかもしれません gpg 私のコマンドラインは次のようになります。
gpg -r RECIP --output OUTPUT_FILE_NAME --encrypt INPUT_FILE_NAME
...どこ
RECIP 使用したいキーの名前（ -r 「受信者」用です。 gpg 主に電子メールを暗号化する手段として生まれました。それを気にしないでください、それは汎用です）。 OUTPUT_FILE_NAME 出力（暗号化）ファイル INPUT_FILE_NAME 入力ファイル（クリアテキスト）ファイル あなたがFTPを使わなければならない特別な理由はありますか？そうでなければ、SCPがより良い選択肢になるでしょう。 1つは暗号化されたチャネルを使用してファイルを送信するため（Google StreetViewの車では記録用の平文パスワードはありません:-)、2つ目は秘密鍵認証を使用できるため、3つ目は本当にコピー用です。
とにかく tar ディレクトリから単一のファイルを作成する標準的な方法です。 -z スイッチはGZIP圧縮を使用します。
tar -zcvf OUTFILE.tgz DIRECTORY
それを暗号化する必要があります。私が使う ccryptしかし、他の選択肢があります。そして、おそらく私が知らないということを使わない理由があります。
ccrypt -k KEYFILE OUTFILE.tgz
最後に、それを送信先サーバーにコピーします。ホームディレクトリの下に "Transfer"ディレクトリがあり、プライベートキー認証が設定されているとします。
scp OUTFILE.tgz.cpt YOURHOST:Transfer
FTPが本当に必要条件であるならば、あなたは使うことができます curl 転送します。私はこれを自分でやったことはありません（そしてそれを試すFTPサーバーもありません）が、マンページを素早く読むと以下のことがわかります。
curl --upload-file OUTFILE.tgz.cpt -u USER:PASSWORD ftp:://YOURHOST/HOSTPATH
curlファイルからキーを取得する方法 man ccrypt より多くの情報を提供します。