メインのWindowsドライブをフォーマットしてopenSUSEをインストールし、追加のドライブはそのままにしておきます

2台の256 GB HDDを搭載した古いラップトップを使用しています。Windowsでは、これらはC：およびD：ドライブです。WindowsはC：にインストールされ、D：は追加データに使用されます。

これをSSHサーバーに変えたいです。C：ドライブをフォーマットし、それにLinuxをインストールしたい。openSUSE 15.0を使用する予定です。これは簡単ですが、D：ドライブがどうなるか心配です。すべてのファイルが含まれているため、外部ドライブとしてのアクセスを維持する必要があります。

openSUSEインストーラーのドキュメントには、「複数のハードディスクが含まれている場合、使用するディスクとルートパーティションを配置する場所を選択できます。ディスクに既にパーティションが含まれている場合は、削除するか、サイズを変更するか。」したがって、C：ドライブを選択し、既存のパーティションを削除して、そこにルートパーティションをマウントできます。これを行った後、D：ドライブに何が起こるかを知りたいだけです。

インストール中に正しいディスクを選択するように注意している場合、インストール中にそのままにしておくことは完全に安全ですが、両方のディスクが同じサイズ/製造元/モデルである場合、どちらが正しいかを判断するのは難しい場合があります。
また、ラップトップでは、C：が最初のディスクであり、D：が2番目のディスクであるとは限りません。さらに、Windowsは実際に1つのディスクから起動し、他のドライブにC：を持っている場合があります。

ディスクを一時的に切断するだけです（または、そのオプションがある場合はBIOSで無効にします）。
そうすれば、SUSEインストールで認識されないことが確実になります。
セットアップ後、ディスクを再接続し、SUSEでマウントします。

これが最も安全な方法です。誤ってデータディスクを台無しにすることはありません。