システムドライブを暗号化し、パスワードまたはusbキーファイルからではなく、両方から起動する必要があります。

次のシナリオを検討してください。

Windows C：ドライブを暗号化します。

また、パスワードを設定し、USBに代替ブートローダーまたはキーファイルを配置して、PCを起動し、USBが接続されていないときに、パスワードと、代替ブートローダーまたはキーファイルがあるUSBプラグインされている場合、パスワードを要求せず、自動的に起動します。

MicrosoftのBitlocker（https://en.wikipedia.org/wiki/BitLocker）はこれ専用に設計されていますが、Windows Vista以降とPro、Enterprise、またはEducationバージョンのいずれかが必要です。VeraCrypt（人気のあるTrueCryptの「後継者」）も完全なディスク暗号化を提供し、無料です。ただし、このためのキーファイルをサポートしているかどうかはわかりません。（https://veracrypt.codeplex.com/wikipage?title=System%20Encryption）。