Windows 7 64ビットバージョンは、32ビットプログラムをProgram Files (x86)フォルダーに、64ビットプログラムをProgram Filesフォルダーにインストールします。もちろん、Microsoftにはそれを行う理由があるに違いありませんが、ユーザーとして2つの別個のプログラムフォルダーを用意するのは便利ではありません。Program Filesインストールされているプログラムを破損することなく、これらのフォルダーを1つ(できれば)にマージする方法はありますか?
また、32ビットアプリケーションをProgram Filesフォルダにインストールするのは問題でしょうか。

Program Files頻繁にフォルダをいじり回しますか?もしそうなら、あなたは何をしていますか、そしてなぜですか?ほとんどの場合、これらをシステムフォルダーと見なす必要があります。システムフォルダーをねじ込むと、システム上のアプリケーションが機能しなくなる可能性があるためです。そのため、おそらくそれらをいじる必要はありません。