回答:
これはChrome 53のUbuntuのバグなので、新しいバージョンにアップグレードするだけです。
証明書の透過性は、Google Chrome(およびそれを使用することを選択した他のすべてのブラウザー)が証明書が正当に発行されたことを確認する方法です。
透過性が有効としてマークされている証明書の場合(証明書に1.3.6.1.4.1.11129.2.4.2のOIDがある)。Chromeは、発行した認証局の証明書透過性ログをチェックして、証明書が存在することを確認します。
ただし、一部の認証局は、特にプライベートリソースの場合、ログのドメイン名の一部を編集することを選択します。
ここで最も可能性が高いシナリオは、NamecheapがGeotrust(発行者)でfiles.namecheap.comの透明性ログを編集することを要求しているため、Google Chromeが証明書が正当に発行されたことを確認できないことです。
ここでのオプションは、Namecheapでチケットを発行して、編集なしで証明書を発行できるかどうかを確認し、その間に例外を追加することです(証明書を信頼してもかまわない場合)。