回答:
同じ質問に対する受け入れられた答え Mac OSでPDFをコマンドラインで完全にフラット化するにはどうすればよいですか。 PDFコンテンツとしてPDF注釈を「ベイクイン」または「平坦化」するために私には効果があるようです。
gs -sDEVICE=pdfwrite -dPDFSETTINGS=/default -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=out.pdf input_with_annots.pdf
...そして、それは注釈テキストを保存するようにさえ思われます(それで、それはオリジナルのテキストコンテンツと一緒に、コピー可能です)。
これをUbuntu 14.04、Ghostscriptでテストした gs --version
9.10。