回答:
Linuxについてはわかりませんが、Mac OS Xでは、設定でテーマを変更できます。ターミナルを開き、[ターミナル]メニュー-> [設定]に移動し、[設定]タブを選択して、Proテーマをデフォルトとして設定します。
デフォルトとして必要ない場合は、[シェル]-> [新しいウィンドウ/タブ]-> [プロ]を選択すると、そのテーマの端末が1つ表示されます。
Linuxでも同様のことが可能だと思います。
Perlスクリプトから画面の色を変更したい場合、CPANのANSI Colorの使用を検討できます。コード例については、こちらをご覧ください。
Mac OS Xのターミナルの外観を改善するためのシンプルなトリックのページで詳細を確認できます(「太字フォント、ANSIカラー、および明るいカラーを有効にする」セクション)。