タグ付けされた質問 「phylogeny」

系統発生データから共分散行列を導出して、回帰を行う2つの変数のになることを理解しています。しかし、系統発生に依存していることが以前に示された連続変数が1つ、順序変数が1つある場合はどうなりますか？後者は序数であるため、系統発生的依存がバイアスされたテスト統計をもたらす方法にこれをどのように関連付けるかはわかりません。c o v （X、Y）= 0cov（バツ、Y）=0cov(X,Y) = 0 連続変数でFelsensteinの系統発生独立コントラストを計算し、ANOVAに使用することは意味がありますか？ PIC値は次のとおりですC私はj= （X私− Xj）d私はj−−√C私j=（バツ私−バツj）d私jC_{ij} = \frac{(X_i - X_j)}{\sqrt{d_{ij}}} ここで、あるXの種のために私は、X jはあるX種のためにJ、およびD I jは種間のペアワイズ距離でIとJ系統樹上。バツ私バツ私X_iバツバツX私、Xj私、バツji, X_jバツバツXjjjd私はjd私jd_{ij}私私ijjj

13 anova  phylogeny 

系統学では、系統樹はMLEまたはベイズ分析を使用して構築されることがよくあります。多くの場合、ベイジアン推定ではフラット事前分布が使用されます。私が理解しているように、ベイズ推定は事前分布を組み込んだ尤度推定です。私の質問は、フラット事前分布を使用する場合、単純に尤度分析を行うことと何が違うのですか？

9 bayesian  confidence-interval  maximum-likelihood  likelihood  phylogeny