信頼区間で交互作用プロットを描画する方法は?


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私の試み:

  1. 私は信頼区間を得ることができませんでした interaction.plot()

  2. 一方plotmeans()、「gplot」パッケージからは2つのグラフが表示されません。さらに、plotmeans()デフォルトでは軸が異なるため、2つのグラフを重ね合わせることができませんでした。

  3. plotCI()パッケージ「gplot」からの使用と2つのグラフの重ね合わせに成功しましたが、それでも軸の一致は完全ではありませんでした。

信頼区間を使用して交互作用プロットを作成する方法に関するアドバイスはありますか?1つの関数、または重ね合わせ方法plotmeans()plotCI()グラフに関するアドバイス。

コードサンプル

br=structure(list(tangle = c(140L, 50L, 40L, 140L, 90L, 70L, 110L, 
150L, 150L, 110L, 110L, 50L, 90L, 140L, 110L, 50L, 60L, 40L, 
40L, 130L, 120L, 140L, 70L, 50L, 140L, 120L, 130L, 50L, 40L, 
80L, 140L, 100L, 60L, 70L, 50L, 60L, 60L, 130L, 40L, 130L, 100L, 
70L, 110L, 80L, 120L, 110L, 40L, 100L, 40L, 60L, 120L, 120L, 
70L, 80L, 130L, 60L, 100L, 100L, 60L, 70L, 90L, 100L, 140L, 70L, 
100L, 90L, 130L, 70L, 130L, 40L, 80L, 130L, 150L, 110L, 120L, 
140L, 90L, 60L, 90L, 80L, 120L, 150L, 90L, 150L, 50L, 50L, 100L, 
150L, 80L, 90L, 110L, 150L, 150L, 120L, 80L, 80L), gtangles = c(141L, 
58L, 44L, 154L, 120L, 90L, 128L, 147L, 147L, 120L, 127L, 66L, 
118L, 141L, 111L, 59L, 72L, 45L, 52L, 144L, 139L, 143L, 73L,  
59L, 148L, 141L, 135L, 63L, 51L, 88L, 147L, 110L, 68L, 78L, 63L, 
64L, 70L, 133L, 49L, 129L, 100L, 78L, 128L, 91L, 121L, 109L, 
48L, 113L, 50L, 68L, 135L, 120L, 85L, 97L, 136L, 59L, 112L, 103L, 
62L, 87L, 92L, 116L, 141L, 70L, 121L, 92L, 137L, 85L, 117L, 51L, 
84L, 128L, 162L, 102L, 127L, 151L, 115L, 57L, 93L, 92L, 117L, 
140L, 95L, 159L, 57L, 65L, 130L, 152L, 90L, 117L, 116L, 147L, 
140L, 116L, 98L, 95L), up = c(-1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
-1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 1L, 1L, -1L, -1L, 
1L, 1L, -1L, 1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 
1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 1L, 1L, -1L, -1L, -1L, 
-1L, 1L, -1L, 1L, -1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 
-1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 
1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L)), .Names = c("tangle", "gtangles", "up"
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -96L))

plotmeans2 <- function(br, alph) {
dt=br;   tmp   <- split(br$gtangles, br$tangle);   
means <- sapply(tmp, mean);  stdev <- sqrt(sapply(tmp, var));  
n <- sapply(tmp,length);  
ciw   <- qt(alph, n) * stdev / sqrt(n)
plotCI(x=means, uiw=ciw, col="black", barcol="blue", lwd=1,ylim=c(40,150),  xlim=c(1,12)); 
par(new=TRUE) dt= subset(br,up==1);   
tmp   <- split(dt$gtangles, dt$tangle);  
means <- sapply(tmp, mean);  
stdev <- sqrt(sapply(tmp, var));  
n <- sapply(tmp,length); 
ciw  <- qt(0.95, n) * stdev / sqrt(n)
plotCI(x=means, uiw=ciw, type='l',col="black", barcol="red", lwd=1,ylim=c(40,150), xlim=c(1,12),pch='+');
abline(v=6);abline(h=90);abline(30,10); par(new=TRUE);
dt=subset(br,up==-1);   
tmp <- split(dt$gtangles, dt$tangle);  
means <- sapply(tmp, mean);  
stdev <- sqrt(sapply(tmp, var));  
n <- sapply(tmp,length); 
ciw <- qt(0.95, n) * stdev / sqrt(n)
plotCI(x=means, uiw=ciw, type='l', col="black", barcol="blue",   lwd=1,ylim=c(40,150), xlim=c(1,12),pch='-');abline(v=6);abline(h=90);
abline(30,10);
}

plotmeans2(br,.95)

回答:


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ggplotを使用する場合は、次のコードを試すことができます。

連続予測子を使用

library(ggplot2)
gp <- ggplot(data=br, aes(x=tangle, y=gtangles)) 
gp + geom_point() + stat_smooth(method="lm", fullrange=T) + facet_grid(. ~ up)

ファセット相互作用プロットの場合

ここに画像の説明を入力してください

(によって生成されるような)標準の相互作用プロットのinteraction.plot()場合、ファセットを削除するだけです。

gp <- ggplot(data=br, aes(x=tangle, y=gtangles, colour=factor(up))) 
gp + geom_point() + stat_smooth(method="lm")

ここに画像の説明を入力してください

離散予測子を使用

ToothGrowthデータセットを使用して(を参照help(ToothGrowth))、

ToothGrowth$dose.cat <- factor(ToothGrowth$dose, labels=paste("d", 1:3, sep=""))
df <- with(ToothGrowth , aggregate(len, list(supp=supp, dose=dose.cat), mean))
df$se <- with(ToothGrowth , aggregate(len, list(supp=supp, dose=dose.cat), 
              function(x) sd(x)/sqrt(10)))[,3]

opar <- theme_update(panel.grid.major = theme_blank(),
                     panel.grid.minor = theme_blank(),
                     panel.background = theme_rect(colour = "black"))
gp <- ggplot(df, aes(x=dose, y=x, colour=supp, group=supp))
gp + geom_line(aes(linetype=supp), size=.6) + 
     geom_point(aes(shape=supp), size=3) + 
     geom_errorbar(aes(ymax=x+se, ymin=x-se), width=.1)
theme_set(opar)

ここに画像の説明を入力してください


細かい対応ありがとうございます。質問したいのですが、独立変数の各レベルで垂直信頼区間を作成する方法はありますか?背景を削除して「古いスタイル」のグラフに戻す方法はありますか?
Adam SA

1
@Adam私は2つのカテゴリー変数+連続応答変数の場合で私の応答を更新しました-これがあなたの意図したものであることを願っています。ggplotテーマをカスタマイズする方法を示すコードも追加しました。一般的に、gp + theme_bw()灰色の背景を削除すると言うことができます。ここでは、グリッドも削除しました。
chl

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RにはFoxとHongのエフェクトパッケージもあります。J。Statを参照してください。柔らかい。信頼区間とRコードの生成の例については、こちらこちらの論文をご覧ください

これはggplotソリューションほどきれいではありませんが、かなり一般的であり、適度に複雑なGLMの命の恩人です。


1
(+1)私はこのアプローチを好むことを認めなければなりません:-)
chl

@chlやConjugate、あるいはその両方で、このアプローチを好む理由について詳しく教えてください。それは私のような人々が時間を投資するためにどの方法を決定するのに役立つだろう。
マイケル・ビショップ

1
@MichaelBishop基本的には、いくつかのRコマンド(および個人的には、リンクリンクと応答スケールのプロット、GLMMMの95%CIの表示、相互作用項に対するマージナリゼーションなど)の扱いが難しいため、多くのトリッキーなことをまとめています。私はlatticeグラフィックスがとても好きです:)
chl
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