OpenBugsとJAGS


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ベイジアンモデルを推定するためのBUGSスタイルの環境を試しています。OpenBugsまたはJAGSを選択する際に考慮すべき重要な利点はありますか?近い将来、一方が他方を置き換える可能性はありますか?

Rで選択したGibbs Samplerを使用します。特定のアプリケーションはまだありませんが、どちらを導入して学習するかを決定しています。


回答:


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BUGS / OpenBugsには、Windowsエミュレーションなどに頼らなければならないLinux(およびIIRC OS X)などの一部のシステムでコードをコンパイルするのが困難になった、独特のビルドシステムがあります。

一方、Jagsは標準のGNUツールで記述された完全に新しいプロジェクトであるため、ほぼどこにでも移植可能です。したがって、どこでも使用できます。

つまり、システムがWindowsの場合、選択肢があり、移動した場合にバグにこだわる潜在的なコストがあります。Windowsを使用していない場合は、Jagsの方が適している可能性があります。


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Linux Windowエミュレーションでは不要なので、共有ライブラリを直接使用できます。GUIのみがこのように機能していませんが、Rから呼び出すため、DanBにとっては問題になりません。
GaBorgulya11年

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@GaBorgulyaそれにもかかわらず、2つのツールから選択する場合、選択したシステムで完全に機能するツールを選択します。
フォマイト

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現時点では、ドキュメントに記載されているように、BRugsパッケージは64ビットLinuxでサポートされていません。これにより、plot.codaを使用してplot.codaを使用しようとすると、C このサイトの 2つの質問と未回答のSOでのrjagsからのmcmc.list出力。
デビッドルバウアー

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将来的にこの質問を見つける人のために:今もスタンがあります。スタンはいつかOpenBUGSとJAGSを置き換えるかもしれませんが、これらの他のパッケージが行うすべての分析をまだサポートしていません。


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ほぼ一年後、私はこれについてコメントしたいと思いました。開発者は熱心で、追加を計画しているもの(変量推論!)はすべて、必然的にOpenBUGSとJAGSに取って代わるスタンを指しています。そうは言っても、現時点では信頼していません。現在のところ、JAGSがオプションではない場合にのみ使用します。複雑な問題で賢明な結果を得るには、より少ない調整ではなく、さらに調整する必要があります。StanはGibbsのサンプリングをまったく使用していません。Gibbsが機能することがわかっている問題については、使用を正当化できません。しかし、これらの問題は将来解決されると思います。

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@MattTagg私の評価が変わったとは思いませんが、私は専門家ではありません。私はそれを頻繁に使用し、より良くなりましたが、すべての開発に追いついていません。そこで私は、私は(のミックス簡単な更新をサンプリングギブスとNUTS混ぜることがしたいモデルの集まりですJAGSSTAN、基本的には)、それはいつでもすぐための地平線上にあるようには見えないSTAN、確かに行うことが可能であるが。

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クールで、知っておくといいですね。JAGSおよびSTANで更新された例を使用して、「Doing Bayesian Data Analysis」の新しいエディションの作業を開始しようとしています。
cavalcade 14年

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JAGSとSTANの最新の比較を確認してください。現在どれがより良く、将来どれがより良くなる可能性が最も高いでしょうか?
-itpetersen

質問はスタンにバグモデルを変換するために助けを求める掲載されています:stackoverflow.com/questions/53809468/...を。-どんな助けも大歓迎です。
クランツ

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速度上の理由から、openbugsをジャグすることをお勧めします。Linuxシステムで両方試してみましたが、ジャグはずっと高速です。


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これは...しかし、問題固有のかもしれ
ベンBolker

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Linuxではジャグがよりスムーズに機能し、セットアップが簡単です 、GeoBUGSがサポートする空間分析を現在サポートしていません。そこで、OpenBUGSを使用します。

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