回答:
遺伝子リストの充実度をテストする標準的な方法は、超幾何テストまたは片側フィッシャーの正確確率検定を行うことです。次の分割表があります。
R
次のようにテストを実行できます。
fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")
これは非常に重要な結果をもたらします:
Fisher's Exact Test for Count Data
data: matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2)
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1
95 percent confidence interval:
5.062107 Inf
sample estimates:
odds ratio
7.34918
(表現不足ではなく)表現過剰についてテストしているため、alternative
パラメーターはに設定されていることに注意してください"greater"
。