私はspdepパッケージを使用して、Rでいくつかの探索的空間分析を行っています。
関数を使用して計算された空間的関連のローカルインジケーター(LISA)のp値を調整するオプションを見つけましたlocalmoran
。ドキュメントによると、それは目的としている:
...複数のテストの確率値調整。
さらにp.adjustSP
私が読んだドキュメントでは、利用可能なオプションは次のとおりです:
調整方法には、p値に比較回数を掛けるBonferroni補正( '"bonferroni"')が含まれます。Holm(1979)( '"holm"')、Hochberg(1988)( '"hochberg"')、Hommel(1988)( '"hommel"')およびBenjamini&Hochberg(1995)には、保守性の低い4つの修正も含まれています。 ( '"fdr"')、それぞれ。パススルーオプション( '"none"')も含まれています。
最初の4つの方法は、家族ごとのエラー率を強力に制御できるように設計されています。変更されていないBonferroni補正を使用する理由はないようです。これは、Hormの方法が支配的であるため、任意の仮定の下でも有効です。
Hochberg法とHommel法は、仮説検定が独立している場合、またはそれらが非負に関連している場合に有効です(Sarkar、1998; SarkarおよびChang、1997)。Hommelの方法はHochbergの方法よりも強力ですが、通常、差は小さく、Hochbergのp値の計算は高速です。
Benjamini、Hochberg、およびYekutieliの "BH"(別名 "fdr")および "BY"メソッドは、偽の発見率を制御します。これは、棄却された仮説の中で予想される偽の発見の割合です。誤検出率は、ファミリごとのエラー率よりも厳格ではないため、これらの方法は他の方法よりも強力です。
現れたいくつかの質問:
- 簡単に言えば、この調整の目的は何ですか?
- そのような修正を使用する必要がありますか?
- はいの場合-利用可能なオプションから選択する方法は?