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Rで2因子（両方とも被験者内）のANOVAを繰り返し測定した後、事後テスト（Tukey HSD）を実行する方法に関する解決策を見つけるのに問題があります。ANOVAには、aov -functionを使用しました。

summary(aov(dv ~ x1 * x2 + Error(subject/(x1*x2)), data=df1))

他の質問への回答を読んだ後、他の機能（lmeなど）を使用してANOVAを再実行する必要があることを知りました。これが私が思いついたものです。

Lme.mod <- lme(dv ~ x1*x2, random=list(subject=pdBlocked(list(~1, pdIdent(~x1-1), pdIdent(~x2-1)))), data=df1)
anova(Lme.mod)

主な効果はどちらも有意でしたが、相互作用の効果はありませんでした。次に、これらの関数を事後比較に使用しました。

summary(glht(Lme.mod, linfct=mcp(x1="Tukey")))
summary(glht(Lme.mod, linfct=mcp(x2="Tukey")))

しかし、いくつかの問題がありました：

まず、Rヘルプファイルには、「双方向ANOVAまたはANCOVAモデル（...）multcompバージョン1.0-0以降で対象のパラメーターを定義する場合、mcp関数は注意して使用する必要があります。主な効果の比較が生成されます。のみ、共変量と交互作用を無視します（古いバージョンは交互作用項で自動的に平均化されました）警告が表示されます。そして確かに、私は次の警告メッセージを受け取りました：

Warning message:
In mcp2matrix(model, linfct = linfct) :
covariate interactions found -- default contrast might be inappropriate

もう1つの不可解な点は、両方の主要な効果は有意でしたが、要因の1つ（x1）の事後比較に有意差はなかったということです。これに出会ったことはありません。スクリプト/分析は正しい/適切ですか、それとも欠けているものはありますか？どんな助けでも大歓迎です！

r anova repeated-measures post-hoc tukey-hsd goodness-of-fit curve-fitting sem latent-variable mplus anova post-hoc tukey-hsd markov-process image-processing r time-series causality granger-causality anova mixed-model lme4-nlme random-effects-model r matlab data-transformation multinomial notation estimation nonparametric logistic r missing-data multiple-imputation mice

— ジョナ
ソース

@Jonnaのサイトへようこそ。Rにこれを実行させる方法にのみ興味がありますか？その場合、この質問はCVではトピックから外れますが（FAQを参照）、Stack Overflowではトピックに含まれます。あなたの質問が、反復測定データを使用した事後テストの性質に関するものなのか、Rコーディングに関するアルゴリズム的な質問なのかわかりません。明確にするために編集してください。（Rについてのみ知りたい場合は、Qを移行できます。クロスポストしないでください）。

— ガン-モニカを復活

1

@gungありがとうございます！私の質問は両方に関係していると思います...投稿を編集して問題を明確にしようとしました！

— ジョナ

2

だろう

df1$x1x2=interaction(df1$x1,df1$x2)
library(lmerTest)
Lme.mod <- lme(dv ~ x1x2, random=~1|subject,
               correlation=corCompSymm(form=~1|subject),
               data=df1)
anova(Lme.mod)
summary(glht(Lme.mod, linfct=mcp(x1x2="Tukey")))

あなたが何をしているのか、すなわち、両方の因子x1とx2の測定レベルのすべての組み合わせの間でポストホックテストを行いますか？（また、lmeの結果をaov呼び出しの繰り返し測定の結果と一致させるために、複合対称性を課しました）

— トム・ウェンセリアーズ
ソース

-2

テューキーのマルチ比較テスト

multcompパッケージのインストールinstall.packages（ "multcomp"）
multcompを使用できるようにするlibrary（ "multcomp"）
それが実行されていることを確認します-現在R search（）で開いているパッケージを説明します

次に、関数glht（）を使用します

— user2037072
ソース

Rの2因子反復測定ANOVA後の事後検定？

テューキーのマルチ比較テスト