リバーシブルジャンプMCMCコード(MatlabまたはR)


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誰でもリバーシブルジャンプMCMCのコード(MatlabまたはR)を知っていますか?できれば、主題に関する論文をほめるためのシンプルなデモアプリケーションは、プロセスを理解するのに役立ちます。


The BUGS Bookの 288ページごとに、可逆ジャンプMCMCをOpenBUGSに追加することについての議論がありました。WinBUGSには、ジャンプモジュールがあります。JAGSの同様の開発を聞いた人はいますか?さまざまな次元を実行する効果を得るためにJAGSコードを記述する方法はありますか?必要以上に大きな寸法を定義するだけの問題ですか?
ヤンガルコウスキ

回答:


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RJMCMC は、引用の古典である1995年の論文Peter Greenによって紹介されました。彼が呼ばれるFortranのプログラムを書いたAutoRJ自動RJMCMCのために、このページは、David HastieのCプログラムAutoMixにリンクしています。Scott Sissonによる2005年の論文の表1に、さまざまなRJMCMCアルゴリズム用の自由に利用可能なソフトウェアのリストがあります。Google検索では、グラスゴー大学のグループから、自分でプログラムを作成する場合の原則を理解するのに役立つ可能性のある疑似コードも見つけます。


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King et al。による人口生態学のためのBayesian Analysisの本。人口生態学の文脈でRJMCMCを説明します。私はそこの説明が非常に明確であり、付録でRコードを提供していることを発見しました。

本には関連するWebページもありますが、本で見つかったコードの一部はWebサイト上にありません。


RJMCMCにWinBUGSコードを提供しますか?それでは、WinBUGSはRJMCMCに対応していますか?
好奇心が

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@Tomas誰かが私の答えを編集し、RをWinBUGSに変更しました。私が覚えていることから、本はRコードを提供します。
csgillespie

ありがとうございました。(+1)ところで、RJMCMCは人口生態学に役立つと思いましたか?役に立つ例はまだ見つかりませんでした。たとえば、標準のMCMCで常にデータ拡張機能を使用することができます。私は本を​​持っていないことに注意してください..それは良いですか?
好奇心が

@Tomasこの本は、モデルの選択にRJMCMCを使用しています。私は説明がとてもいいとわかりました。私は怒りでRJMCMCを使用する必要がありました。
csgillespie

「怒り」?どういう意味ですか?
好奇心が

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@onestopの答えに詳細を1つ追加するだけです。OlivierCappé(CT / RJ MCMC)がリリースしたCソフトウェアは、リバーシブルジャンプMCMCアルゴリズムを理解するのに非常に役立ちます(特に、生死と分裂の確率を設計する方法マージの動き)。ソースコードへのリンク:http : //perso.telecom-paristech.fr/~cappe/Code/CTRJ_mix/About/


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Jailin Aiは、リーズでの修士論文の一部として、RJ MCMCのかなり素晴らしいプレゼンテーションを(グリーンの元の論文に非常に近いものであるが)付随するRコードと一緒に行います。また、グリーンの1995年の論文にも含まれている、変化点の問題の詳細な例を示します。

ここで論文とコードを見つけます:

http://www1.maths.leeds.ac.uk/~voss/projects/2011-RJMCMC/


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Nando de Freitasは、ニューラルネットワークのパラメーター推定にリバーシブルジャンプMCMCアルゴリズムを使用するデモを提供しています。このモデルは、ニューロンの数、モデルパラメーター、正則化パラメーター、およびノイズパラメーターを、推定されるランダム変数として扱います。

コードと記事はこちらから入手できます:http : //www.cs.ubc.ca/~nando/software.html

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