反復測定のための不均衡な混合効果分散分析


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手術中に2種類の治療を受けた患者のデータがあります。心拍数への影響を分析する必要があります。心拍数の測定は15分ごとに行われます。

患者ごとに手術の長さが異なる場合があるため、各患者は7〜10の心拍数を測定できます。したがって、不均衡な設計を使用する必要があります。Rを使用して分析を行っています。また、ezパッケージを使用して、混合測定ANOVAを繰り返し測定しています。しかし、私は不均衡なデータを分析する方法を知りません。誰でも助けることができますか?

データの分析方法に関する提案も歓迎します。

更新:
提案されたように、lmer関数を使用してデータをフィッティングし、最適なモデルは次のとおりであることがわかりました。

heart.rate~ time + treatment + (1|id) + (0+time|id) + (0+treatment|time)

結果は次のとおりです。

Random effects:
 Groups   Name        Variance   Std.Dev. Corr   
 id       time        0.00037139 0.019271        
 id       (Intercept) 9.77814104 3.127002        
 time     treat0      0.09981062 0.315928        
          treat1      1.82667634 1.351546 -0.504 
 Residual             2.70163305 1.643665        
Number of obs: 378, groups: subj, 60; time, 9

Fixed effects:
             Estimate Std. Error t value
(Intercept) 72.786396   0.649285  112.10
time         0.040714   0.005378    7.57
treat1       2.209312   1.040471    2.12

Correlation of Fixed Effects:
       (Intr) time  
time   -0.302       
treat1 -0.575 -0.121

今、私は結果の解釈に迷っています。2つの治療法が心拍数に影響を及ぼす点で異なっていたと結論付けるのは正しいでしょうか?treat0とtreat1の-504の相関はどういう意味ですか?


答えを更新する前に、治療は繰り返される要素ですか?すなわち、各被験者は治療「a」と治療「b」の両方を受けますか、またはこれは被験者間因子ですか?
マットアルブレヒト

治療は被験者間要因です。各被験者は1種類の治療のみを受けます。2つの処理を1と0としてコーディングし、処理を因子変数として設定しました。
biostat_newbie

回答:


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nlme / lme4パッケージのlme / lmer関数は、不均衡な設計に対処できます。時間は数値変数であることを確認する必要があります。また、さまざまな種類の曲線についてもテストすることをお勧めします。コードは次のようになります。

library(lme4)
#plot data with a plot per person including a regression line for each
xyplot(heart.rate ~ time|id, groups=treatment, type= c("p", "r"), data=heart)

#Mixed effects modelling
#variation in intercept by participant
lmera.1 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1|id), data=heart)
#variation in intercept and slope without correlation between the two
lmera.2 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1|id) + (0+time|id), data=heart)
#As lmera.1 but with correlation between slope and intercept
lmera.3 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1+time|id), data=heart)

#Determine which random effects structure fits the data best
anova(lmera.1, lmera.2, lmera.3)

二次モデルを取得するには、式「heart.rate〜治療*時間* I(時間^ 2)+(ランダム効果)」を使用します。

更新:
治療が被験者間要因であるこの場合、上記のモデル仕様に固執します。(0 + treatment | time)という用語は、モデルに含めたいものではないと思います。この場合、時間を変量効果グループ変数として扱うことは意味がありません。

しかし、「treat0treat1の相関-0.504はどういう意味ですか」という質問に答えるために、これは各時間グループが1組の値である2つの治療間の相関係数です。idがグループ化要因であり、処理が被験者内変数である場合、これはより理にかなっています。次に、2つの条件の切片間の相関を推定します。

モデルについて結論を出す前に、lmera.2でモデルを修正し、REML = Fを含めます。次に、「languageR」パッケージをロードして実行します:

plmera.2<-pvals.fnc(lmera.2)
plmera.2

その後、p値を取得できますが、その外観から、おそらく時間の大きな影響と治療の大きな効果があります。


1
それらのモデルは最終的にanova()関数を使用して比較されるため、これらのモデルを生成するときにlmerのREML引数をFALSEに設定する必要がありますか?
マイクローレンス

7
尤度比検定を使用してモデルを比較する場合、REML(上記の制限付き/残差最尤法)を使用して異なるランダム効果構造を比較できますが、ML(最大尤度)を使用して異なる固定効果モデルを比較する必要があります。
ワンストップ

心拍数の測定は手術中に採取されたサンプルであるため、時間はランダムな効果ではありませんか?これが当てはまる場合、次の適合は意味があります(私はまだlmer関数を読んでいて、構文を完全に理解していないため)?lmer(heart.rate〜treatment +(1 | id)+(1 + time)、data = heart)
biostat_newbie

1
変量効果側の「(time | id)」という用語は、各人の異なる(線形)勾配に適合するように関数に指示します。そのため、固定効果とランダム効果の両方として時間を持つことができますが、意味は異なります。ダグラス・ベイツの本の睡眠研究の例をご覧ください:lme4.r-forge.r-project.org/book/Ch4.pdf
マットアルブレヒト

2
lmer古き良き時代ではなく、提案されている繰り返し測定の設計についてはわかりませんlme。このような設計ではランダム効果が交差し、の主な強度lmerはまれですが、多くの場合、残差の相関構造をモデル化する必要があります。私の知る限り、それlmerはサポートしていlmeませんがサポートしています。そのような場合にlmer比べて劣ったツールであると仮定するのは間違っていlmeますか?
-AlefSin
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