Rのゼロ膨張負の二項混合効果モデル


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Rでゼロ膨張した負の二項混合効果モデル推定を提供するようなパッケージはありますか?

ということは:

  • パッケージpsclの関数zeroinflのように、ゼロインフレの二項モデルを指定できるゼロインフレ:

    zeroinfl(y〜X | Z、dist = "negbin")
    ここで、Zはゼロインフレモデルの式です。

  • モデルのカウント部分の負の二項分布。

  • パッケージlme4の関数lmerと同様に指定されたランダム効果。

glmmADMBはそれをすべて実行できることを理解していますが、ゼロインフレーションの式を指定することはできません(これは単なる切片です。つまり、Zは1になります)。しかし、それをすべて実行できる他のパッケージはありますか?

あなたの助けにとても感謝します!


私は同じものを探しています。glmmADMBは私が欲しいものだと思いますが、実行させることはできません。
グレッグマクファーレン

ZIMまたはaodパッケージがあなたがやりたいことをできるかどうか疑問に思っていますか?
グレアムウォルシュ

2
更新として、Ben BolkerによるglmmTMBパッケージは、ゼロ膨張一般化線形混合モデル(ZIGLMM)をサポートします。
JWilliman

回答:


5

これが必要なパッケージだと思います:glmmADMB。ここからダウンロードしました:http : //otter-rsch.com/admbre/examples/glmmadmb/glmmADMB.html

しかし、私はまだそれを実行させるためにいくつかの問題を抱えていたので、このリンクで提供されている指示に従って、今はうまく動作しますhttp://glmmadmb.r-forge.r-project.org/

お役に立てれば!


このパッケージでは、モデルのゼロインフレーション部分の定数項の近似のみが許可されることに注意してください。
user2390246

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PSCLのパッケージには、ゼロ膨張ポアソンモデルのために用意されています。負の二項モデルを実行できるとは思いませんが、開始する場所かもしれません。リンクされたJSSの記事では、関連するパッケージについても説明しているため、探しているものが見つかるかもしれません。


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psclパッケージは(現在)を使用して負の二項モデルを許可しますzeroinfl(..., dist = "negbin", ...)
user2390246

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何をしようとしているかに応じて、アスターパッケージを確認することをお勧めします。Asterモデルでは、異なる確率分布を持つ複数の変数の共同分析が可能になり、最近ではランダム効果を考慮して更新されました。これらはライフヒストリー分析用に設計されており、応答を異なる分布を持つ個別の部分に分割できる状況で機能します(生存=ベルヌーイ、生殖=ポアソンなど)。ゼロの大部分をベルヌーイとしてモデル化し、応答の残りを負の二項としてモデリングすることにより、「ゼロインフレ」を処理できます。

ここにたくさんのドキュメントがあります:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

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