この問題に関する情報は、数学者のジェフ・ミラーが維持している数学の言葉のいくつかの最も早い既知の使用法についてウェブサイトをチェックすることで見つけることができます。また、標準の辞書ソースで「カーネル」という語の語源に関する情報を見つけることもできます。
フランス語で書くと、フレドホルム(1903)は "noyau"(コア)という単語を使用し、ヒルベルト(1904)はこの用語を採用したが、ドイツ語で "kern"(コア)を作成した。これらの用語は、機能解析における積分方程式について書く文脈で使用されました。この直後に、Bôcher(1909)は英語で執筆し、「カーネル」という用語を使用して同じオブジェクトを指します。その後、この用語は、機能分析、フーリエ分析、さらには確率と統計に関する英語の文献に広がります。
上記のリンク辞書によると、この単語は古英語とゲルマン祖語に由来しています。シード、またはオブジェクトのコア、中心、またはエッセンスを参照できます。ドイツ語の「kern」と「kernel」の言語的な類似性は、同様の歴史的派生によるものと思われます。「カーネル」という言葉は、ゲルマン祖語の「クルン」(トウモロコシ)という仮説(再構成)に由来すると言われています。そのため、この歴史に基づいて、語源的には「カーネル」という語は種、核、または本質を指し、トウモロコシの古いドイツ語の英語化に基づいているようです。
更新:この回答は、ユーザーcbeleitesおよびRMによって私の注意を喚起された新しい情報を反映するために大幅に編集されました。当初、これは「kern」という単語の最近の英語化であると考えていましたが、辞書の情報源は英語の「kernel」という単語は非常に古いことを示唆しています。私は言語学者ではないので、上記の情報源から情報を提供するだけです。