Rは、関数R2WinBUGS :: bugsとR2jags:jagsによって生成されたオブジェクトbugs
とjags
オブジェクトから素晴らしい要約プロットを出力できるようです。
しかし、私はrjags
パッケージを使用しています。結果をrjags::coda.samples
使用R2WinBUGS::plot.mcmc.list
して関数の結果をプロットしようとすると、各パラメーターの診断プロット(パラメーター密度、チェーン時系列、自己相関)になります。
以下は、Andrew Gelmanのチュートリアル「RからのWinBuugsとOpenBugsの実行」から作成したいプロットのタイプです。これらはを使用して作成されましたplot.pugs
。
問題はplot.bugs
、bugs
オブジェクトを引数としてplot.mcmc.list
受け取り、の出力を受け取ることですcoda.samples
。
次に例を示します(からcoda.samples
):
library(rjags)
data(LINE)
LINE$recompile()
LINE.out <- coda.samples(LINE, c("alpha","beta","sigma"), n.iter=1000)
plot(LINE.out)
私が必要なのは
- によって生成されたものと同様の、情報が豊富な、1ページの要約プロットを生成する方法
plot.bugs
LINE.out
バグオブジェクトに変換する関数または
mcmc.list
(私が知る限り)で始まる問題を解決しません。