等高線/熱オーバーレイを使用した散布図

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最近の論文の補足でこのプロットを見て、Rを使用して再現できるようにしたいと思います。それは散布図ですが、オーバープロットを修正するために、「熱」に対応する等高線があります。密度のオーバープロット。どうすればいいですか？

ここに画像の説明を入力してください

r data-visualization scatterplot

— スティーブンターナー
ソース

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この StackOverflowの質問は、散布図と点を含む、この種のプロットのggplot2オプションをいくつか示しています。

— ジョラン

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ここに私のものがあり、ものを描くためだけに基本関数を使用しています：

library(MASS)  # in case it is not already loaded 
set.seed(101)
n <- 1000
X <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))

## some pretty colors
library(RColorBrewer)
k <- 11
my.cols <- rev(brewer.pal(k, "RdYlBu"))

## compute 2D kernel density, see MASS book, pp. 130-131
z <- kde2d(X[,1], X[,2], n=50)

plot(X, xlab="X label", ylab="Y label", pch=19, cex=.4)
contour(z, drawlabels=FALSE, nlevels=k, col=my.cols, add=TRUE)
abline(h=mean(X[,2]), v=mean(X[,1]), lwd=2)
legend("topleft", paste("R=", round(cor(X)[1,2],2)), bty="n")

ここに画像の説明を入力してください

より派手なレンダリングを行うには、ggplot2とをご覧くださいstat_density2d()。私が好きな別の機能はsmoothScatter()次のとおりです。

smoothScatter(X, nrpoints=.3*n, colramp=colorRampPalette(my.cols), pch=19, cex=.8)

ここに画像の説明を入力してください

— chl
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2

等高線プロットを制御して、指定された分位数/パーセンタイル/十分位数（または何が必要か）を含めることができれば便利です。

— ローマンルシュトリック

Awsesome、私は長い間、良い品質のプロットのためにそのようななめらか探していた

— WAF

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誰もこれにggplot2を提案していませんか??

library(MASS)
library(ggplot2)
n <- 1000
x <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))
df = data.frame(x); colnames(df) = c("x","y")

commonTheme = list(labs(color="Density",fill="Density",
                        x="RNA-seq Expression",
                        y="Microarray Expression"),
                   theme_bw(),
                   theme(legend.position=c(0,1),
                         legend.justification=c(0,1)))

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  geom_density2d(aes(colour=..level..)) + 
  scale_colour_gradient(low="green",high="red") + 
  geom_point() + commonTheme

次のものが生成されます。

ただし、次のような他の作業も非常に簡単に実行できます。

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  stat_density2d(aes(fill=..level..,alpha=..level..),geom='polygon',colour='black') + 
  scale_fill_continuous(low="green",high="red") +
  geom_smooth(method=lm,linetype=2,colour="red",se=F) + 
  guides(alpha="none") +
  geom_point() + commonTheme

次のものが生成されます。

— ADP
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