rjagsで予測を生成する方法は?


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JAGS言語で指定されたモデルでrjagsを使用してMCMCを実行しました。そのモデルを抽出し、それを使用して予測を実行する良い方法はありますか(私のパラメーターの事後分布を使用)?Rでモデルを再指定し、パラメータ事後のモードをプラグインできます。これを行うための余計な方法はないかと思っています。

http://sourceforge.net/p/mcmc-jags/discussion/610037/thread/0ecab41cも同じ質問をしていると思います。


リンクが壊れています。更新してください。
chl

できた sourceforgeが再配置されたように見える
定量的歴史家

ありがとう!(SFが相対パスを変更して以来、自分でスレッドを見つけていません。)
chl

回答:


8

通常、JAGSで予測を行うことができます。以下は、FEV(肺容量に関係するもの)を従属変数とし、年齢と喫煙の指標を予測因子とする回帰の例です。

FEV20sとFEV20nsは、20歳の喫煙者と20歳の非喫煙者の予測FEV値です。

model
{
for(i in 1:n){
    FEV[i] ~ dnorm(mu[i],tau)
    mu[i] <- beta[1] + beta[2]*Age[i] + beta[3]*Smoke[i]  + beta[4]*Age[i]*Smoke[i]
}

#priors
beta[1] ~ dnorm(0,0.001)
beta[2] ~ dnorm(0,0.001)
beta[3] ~ dnorm(0,0.001)
beta[4] ~ dnorm(0,0.001)
tau ~ dgamma(0.001,0.001)
sigma<-1/sqrt(tau) 

## Predict the FEV for a 20 year old smoker and for a 20 year old nonsmoker
mu20s <-  beta[1] + (beta[2]+beta[4])*20 + beta[3]
mu20ns <-  beta[1] + beta[2]*20 
FEV20s ~ dnorm(mu20s,tau)
FEV20ns ~ dnorm(mu20ns,tau)
}

例:ベイジアンのアイデアとデータ分析


ポインターに感謝します。テストデータをJAGSに送信することは考えていませんでしたが、そうする必要があります。
定量的歴史家

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モデル全体を再調整せずにこれらの予測を生成する方法はありますか?予測の生成を大規模に並列化するのが簡単であれば、モデル全体を再調整する必要がある場合、これは不可能です。
コリン
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