インフレ率がゼロのGAMM


9

RのゼロインフレデータにGAMM(一般化された加法混合モデル)を適合させることは可能ですか?

そうでない場合、ゼロインフレートされたデータに対してRに負の二項分布または準ポアソン分布をもつGAM(一般化された加法モデル)を当てはめることは可能ですか?(私はポアソン分布のCOZIGAM :: zigamおよびmgcv:ziP関数を見つけました)

回答:


8

加えて、mgcvとそのゼロ膨張ポアソン家族(ziP()ziplss())、あなたはまたに見えるかもしれませんBRMSのポール・クリスチャンBürknerによってパッケージ。これは、分布モデルに適合できます(平均よりも多くの場合、モデルのゼロインフレコンポーネントは、count関数と同じように共変量の関数としてモデル化できます)。

あなたは(平均値/数、ゼロ膨張部、等のために)線形予測子を介してのいずれかで平滑化し含めることができるs()t2()、それぞれ簡単な1次元または等方性2次元スプライン、または異方性テンソル積スプラインのための条件を。これは、ゼロ膨張2項、ポアソン、負の2項、およびベータ分布に加えて、ゼロ1膨張のベータ分布をサポートしています。また、ポアソンおよび負の二項応答のハードルモデルもあります(モデルのカウント部分は、ゼロカウントが生成されないように切り捨てられた分布です)。

brmsはSTANを使用してこれらのモデルに適合するため、完全にベイジアンですが、関連する情報を抽出するには、新しいインターフェイスのセットを学習する必要があります。とは言っても、このタスクだけをサポートする機能を提供するパッケージがいくつかあり、brmsにはこれらのセカンダリパッケージを利用するヘルパー関数が記述されています。あなたはSTANがインストールされて取得する必要がありますととして、あなたは、C ++コンパイラが必要になりますBRMSは evalutationためSTANコードにRを使用して定義としてモデルをコンパイルします。


4

glmmTMBブルックスら:パッケージには、この最近のbioRxivの論文に記載されています。(2017)。モデルゼロ膨張しカウントを持つデータglmmTMB、bioRxiv、DOI:10.1101 / 132753

ギャビン・シンプソンはまた、比較の素敵なブログの記事があるglmmTMBmgcv、この目的のために:mgcvで、カウントし、ゼロ膨張したカウントGLMMsフィッティング


1
+1私のブログ投稿へのリンクをありがとう。それは楽しいことでした。午後は新しいパッケージで遊んでいました。
Gavin Simpson

また、brms実際に非常に素晴らしく柔軟性のあるものを指摘してくれてありがとう。Niki Umlaufと一緒に、bamlssさらに柔軟な回帰機能を取得するためのカウントファミリーを作成することも計画しています...しかし、これまでのところ、データ分布をカウントするためのラウンドを行いませんでした。
Achim Zeileis 2017
弊社のサイトを使用することにより、あなたは弊社のクッキーポリシーおよびプライバシーポリシーを読み、理解したものとみなされます。
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.