Rのprincomp()オブジェクトのsummary()とloadings()の違いは何ですか?


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コード例:

(pc.cr <- princomp(USArrests))  
summary(pc.cr)
loadings(pc.cr)  ## note that blank entries are small but not zero

それぞれから異なる出力を取得していますが、違いが何であるかを理解できません。

出力は次のとおりです。

> summary(pc.cr)
Importance of components:
                           Comp.1      Comp.2      Comp.3       Comp.4
Standard deviation     82.8908472 14.06956001 6.424204055 2.4578367034
Proportion of Variance  0.9655342  0.02781734 0.005799535 0.0008489079
Cumulative Proportion   0.9655342  0.99335156 0.999151092 1.0000000000


> loadings(pc.cr)  ## note that blank entries are small but not zero

...

               Comp.1 Comp.2 Comp.3 Comp.4
SS loadings      1.00   1.00   1.00   1.00
Proportion Var   0.25   0.25   0.25   0.25
Cumulative Var   0.25   0.50   0.75   1.00

PS:summary(pc.cr)によって作成されたテーブルにアクセスするにはどうすればよいですか?(strでそれを見つけることができないようです。)


2番目の質問については、固有ベクトルまたはコンポーネントの負荷の概要を意味しますか?
2010

こんにちはchl-「summary(pc.cr)」からの出力を意味します-何らかの理由で、それを見つけることができません。(summary(pc.cr)[[1]]のようなものを実行すると、テーブルの一部のみが取得されます)
Tal Galili

なぜ# inappropriate最初の行にコメントがあるのですか?
アメーバは、モニカ

@amoeba-正直、覚えていません。削除しました。:)
Tal Galili

回答:


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最初の出力は、正確で最も役立つ出力です。loadings()オブジェクトを呼び出すと、SSが常に1に等しい概要が返されるだけなので、%分散は、SS負荷を変数の数で割ったものです。(のようにfactanal)因子分析を使用する場合にのみ意味があります。私はprincompそのSVDベースの代替(prcomp)を使用することはありません。FactoMineRまたはade4パッケージの方がはるかに強力です。

2番目の質問については、summary()関数は各コンポーネント(pc.cr$sdevあなたの場合)のSDを返すだけであり、テーブルの残りの部分は後で計算されるようです(printまたはshowメソッドを使用して、これを詳細に調査しませんでした)。

> getS3method("summary","princomp")
function (object, loadings = FALSE, cutoff = 0.1, ...)
{
    object$cutoff <- cutoff
    object$print.loadings <- loadings
    class(object) <- "summary.princomp"
    object
}
<environment: namespace:stats>

princomp()自体は使用して見ることができるんgetAnywhere("princomp.default")


+1私はFactoMineRも使用していますが、非常に大きなデータセットでPCAメソッドを試したところ、結果が得られなかったことを覚えています。
ジョージドンタス

@ gd047それは(大規模なデータセット:)処理するように最適化される可能性がありますSVDに基づいているがそれは、あまりにも私のために失敗した
CHL
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