統計学習の要素からk最近傍分類器の決定境界をプロットする方法は?


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Trevor Hastie&Robert Tibshirani&Jerome Friedmanの著書ElemStatLearn "The Elements of Statistics Learning:Data Mining、Inference、and Prediction。Second Edition"に記述されているプロットを生成したい。プロットは次のとおりです。

ここに画像の説明を入力してください

でこの正確なグラフをどのように作成できるのかR、特に境界線を示すグリッドグラフィックと計算に注意してください。



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@StasK:はい、そうです。プロットを生成する方法は?助けていただけますか?どうもありがとう!
リトルアインシュタイン

回答:


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この図を再現するには、ElemStatLearnパッケージをシステムにインストールする必要があります。人工データセットはmixture.example()、@ StasKが指摘したように生成されました。

library(ElemStatLearn)
require(class)
x <- mixture.example$x
g <- mixture.example$y
xnew <- mixture.example$xnew
mod15 <- knn(x, xnew, g, k=15, prob=TRUE)
prob <- attr(mod15, "prob")
prob <- ifelse(mod15=="1", prob, 1-prob)
px1 <- mixture.example$px1
px2 <- mixture.example$px2
prob15 <- matrix(prob, length(px1), length(px2))
par(mar=rep(2,4))
contour(px1, px2, prob15, levels=0.5, labels="", xlab="", ylab="", main=
        "15-nearest neighbour", axes=FALSE)
points(x, col=ifelse(g==1, "coral", "cornflowerblue"))
gd <- expand.grid(x=px1, y=px2)
points(gd, pch=".", cex=1.2, col=ifelse(prob15>0.5, "coral", "cornflowerblue"))
box()

最後の3つのコマンドを除くすべてのコマンドは、のオンラインヘルプから取得されmixture.exampleます。最初にexpand.grid変化させることで出力を配置するという事実を使用したことに注意してくださいx。これにより、各列prob15座標の勝者クラスの投票の割合を保持する(次元69x99の)行列の色を(列ごとに)インデックス付けすることができます(px1px2)。

ここに画像の説明を入力してください


+1。ありがとう!また、「Oracleを公開する」というテキストで説明されているようにデータを生成する方法についても疑問に思っています。ウェブサイトのデータを使用する代わりに、それを追加してもらえますか?
リトルアインシュタイン

@littleEinsteinオンラインヘルプの内容はmixture.example何ですか?# Reproducing figure 2.4, page 17 of the book:例のセクションで始まる行の下のシミュレーション設定を見てください。
chl

リンクを教えてください。私はそれを見つける事が出来ません。
リトルアインシュタイン

@littleEinsteinで申し訳ありませんが、おそらく私が見逃しているものがあります。入力するhelp(mixture.example)example(mixture.example)、Rプロンプトで入力するだけです(必要なパッケージをでロードした後library(ElemStatLearn))。人工データセットを生成するコード(図2.4を生成しない)は、例のセクションでプレーンRで記述されています。
chl

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ところで、私はちょうど彼ggplotが同様の目的に使用した@Shaneのウェブログに出会いました。このアウトをチェックしてください:ESL 2.1:KNN対線形回帰
-chl

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私はESLを自己学習し、本で提供されているすべての例を学習しようとしています。私はこれをしたばかりで、以下のRコードを確認できます:

library(MASS)
# set the seed to reproduce data generation in the future
seed <- 123456
set.seed(seed)

# generate two classes means
Sigma <- matrix(c(1,0,0,1),nrow = 2, ncol = 2)
means_1 <- mvrnorm(n = 10, mu = c(1,0), Sigma)
means_2 <- mvrnorm(n = 10, mu = c(0,1), Sigma)

# pick an m_k at random with probability 1/10
# function to generate observations
genObs <- function(classMean, classSigma, size, ...)
{
  # check input
  if(!is.matrix(classMean)) stop("classMean should be a matrix")
  nc <- ncol(classMean)
  nr <- nrow(classMean)
  if(nc != 2) stop("classMean should be a matrix with 2 columns")
  if(ncol(classSigma) != 2) stop("the dimension of classSigma is wrong")

  # mean for each obs
    # pick an m_k at random
  meanObs <- classMean[sample(1:nr, size = size, replace = TRUE),]
  obs <- t(apply(meanObs, 1, function(x) mvrnorm(n = 1, mu = x, Sigma = classSigma )) )
  colnames(obs) <- c('x1','x2')
  return(obs)
}


obs100_1 <- genObs(classMean = means_1, classSigma = Sigma/5, size = 100)
obs100_2 <- genObs(classMean = means_2, classSigma = Sigma/5, size = 100)

# generate label
y <- rep(c(0,1), each = 100)

# training data matrix
trainMat <- as.data.frame(cbind(y, rbind(obs100_1, obs100_2)))

# plot them
library(lattice)
with(trainMat, xyplot(x2 ~ x1,groups = y, col=c('blue', 'orange')))

# now fit two models

# model 1: linear regression
lmfits <- lm(y ~ x1 + x2 , data = trainMat)

# get the slope and intercept for the decision boundary
intercept <- -(lmfits$coef[1] - 0.5) / lmfits$coef[3]
slope <- - lmfits$coef[2] / lmfits$coef[3]

# Figure 2.1
xyplot(x2 ~ x1, groups = y, col = c('blue', 'orange'), data = trainMat,
       panel = function(...)
       {
        panel.xyplot(...)
        panel.abline(intercept, slope)
        },
       main = 'Linear Regression of 0/1 Response')    

# model2: k nearest-neighbor methods
library(class)
# get the range of x1 and x2
rx1 <- range(trainMat$x1)
rx2 <- range(trainMat$x2)
# get lattice points in predictor space
px1 <- seq(from = rx1[1], to = rx1[2], by = 0.1 )
px2 <- seq(from = rx2[1], to = rx2[2], by = 0.1 )
xnew <- expand.grid(x1 = px1, x2 = px2)

# get the contour map
knn15 <- knn(train = trainMat[,2:3], test = xnew, cl = trainMat[,1], k = 15, prob = TRUE)
prob <- attr(knn15, "prob")
prob <- ifelse(knn15=="1", prob, 1-prob)
prob15 <- matrix(prob, nrow = length(px1), ncol = length(px2))

# Figure 2.2
par(mar = rep(2,4))
contour(px1, px2, prob15, levels=0.5, labels="", xlab="", ylab="", main=
    "15-nearest neighbour", axes=FALSE)
points(trainMat[,2:3], col=ifelse(trainMat[,1]==1, "coral", "cornflowerblue"))
points(xnew, pch=".", cex=1.2, col=ifelse(prob15>0.5, "coral", "cornflowerblue"))
box()

1
ここにコードを入力せずにコードを入力するには、コードであるテキストを強調表示してから、ページの上部近くにある「コード」ボタンをクリックします。アイコン/ボタンの列にあります。コード1は中括弧のように見えます。
ピーターフロム-モニカの復職

Re:「Rコードのブロックを貼り付ける方法」。投稿を編集するときに、小さなメニューバーにアクセスできます。
chl

また、コードのブロックを簡単にインデントできるエディターを使用していない場合は、喜んで切り替えます。例えばRstudioにすることができますvimの中で、コードを選択し、タブのインデント、それを押す5>>など、
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