分割-分割-プロット設計とlme

堆積物微生物活動に対する乾燥の影響を評価するために、データセットを作成しています。目的は、乾燥の影響が堆積物の種類や堆積物内の深さによって異なるかどうかを判断することです。

実験計画は次のとおりです
。最初の要素Sedimentは、3種類の堆積物（コードSed1、Sed2、Sed3）に対応します。
堆積物の種類ごとに、3つのサイト（Sed1の3サイト、Sed2の3サイト、Sed3の3サイト）でサンプリングが行われました。サイトはコード化されています：Site1、Site2、...、Site9。
次の要素は水文学です。各サイト内で、サンプリングはドライプロットとウェットプロットで実行されます（コード化されたDry / Wet）。
前の各プロット内で、サンプリングは2つの深さで実行されます（D1、D2）3つ組で。

合計n = 108サンプル= 3堆積物* 3サイト* 2水文学* 2深度* 3複製があります。

私はRのlme関数（lnmeパッケージ）を次のように使用します。

Sediment<-as.factor(rep(c("Sed1","Sed2","Sed3"),each=36))
Site<-as.factor(rep(c("Site1","Site2","Site3","Site4","Site5","Site6","Site7","Site8","Site9"),each=12))
Hydrology<-as.factor(rep(rep(c("Dry","Wet"),each=6),9))
Depth<-as.factor(rep(rep(c("D1","D2"),each=3),18))
Variable<-rnorm(108)

mydata<-data.frame(Sediment,Site,Hydrology,Depth,Variable)

mod1<-lme(Variable~Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)

比較可能なスプリットスプリットプロットデザインとその分析の例を次の場所で見つけました：http : //www3.imperial.ac.uk/portal/pls/portallive/docs/1/1171923.PDF

これがこれらのデータを分析する正しい方法であることを誰かが確認できますか？
ランダムな構造は私の実験計画に従って正しく指定されていると思いますか？

これはかなり遅くなりますが、あなたの分析は概ね正しいと思います。3つのコメントがあります。

1. 深度を固定ではなくランダムとして扱うことが問題ないことを確認してください。これは奥行きの定義によると思います。それは単に「表土」と「下層土」ですか、それともA1、B2、C2などのようないくつかの制御レベルですか？
2. 私の同僚は常に、別の変数を作成することを推奨しています。これにより、固定効果とランダム効果が同じ名前である場合に混乱を招くことはありません。と同じ列lme(Variable~Sediment_ef*Hydrology_ef*Depth_ef, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)であっても、のようなもの。X_efX
3. これは明らかに完全なモデルであり、節約を実現するためにモデルを削減する必要がある場合もあれば、そうでない場合もあります。