ビーガンのアドニス：変数の順序または階層の使用

パッケージadonis()内の関数を使用して、vegan1）共生する宿主種が複数のサイト間で微生物群集で異なるかどうか、および2）サイトが異なるかどうかを決定しています。CVとSOに関するすべての投稿を調べましたが、アドニス機能を使用して複数の要因の重要性を判断する方法に対する明確な答えはありません。

/programming/26768779/vegan-adonis-unbalanced-design-ss-type-ii-or-iiiで提案されているように、私は最初にこれを行いました：

ここで、jaccはジャカードメトリックを使用した非類似度行列です

adonis <- adonis(jacc ~ Species + Site, data = df_compare)

adonis
Call:
adonis(formula = jacc ~ Species + Site, data = df_compare) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Species    2    0.6055 0.30273  1.7690 0.04981  0.004 ** 
Site       4    2.1378 0.53445  3.1231 0.17587  0.001 ***
Residuals 55    9.4122 0.17113         0.77432           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

次に、順序を逆にします。

adonis_2 <- adonis(jacc ~ Site + Species, data = df_compare)

adonis_2

Call:
adonis(formula = jacc ~ Site + Species, data = df_compare) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Site       4    2.4385 0.60962  3.5623 0.20061  0.001 ***
Species    2    0.3048 0.15238  0.8904 0.02507  0.716    
Residuals 55    9.4122 0.17113         0.77432           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

しかし、順序が重要であるため、それを解釈する方法がわかりません。また、種間で違いがあるかどうかは本当にわかりません。

いくつか検索した後、私は階層を使用することにしました。

私はこれが言っていると思います：同じ場所の種のみを比較する場合、共存する種は異なります

species_adonis <- adonis(jacc ~ Species, strata = df_compare$Site, data = df_compare)

species_adonis

Call:
adonis(formula = jacc ~ Species, data = df_compare, strata = df_compare$Site) 

Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)
Species    2    0.6055 0.30273  1.5464 0.04981  0.335
Residuals 59   11.5500 0.19576         0.95019       
Total     61   12.1554                 1.00000  

次に、サイトについて質問するために、ブロッキングで種を使用しました。

私はこれが言っていると思います：同じ種だけを比較するとサイトが異なります

site_adonis <- adonis(jacc ~ Site, strata = df_compare$Species, data = df_compare)

Call:
adonis(formula = jacc ~ Site, data = df_compare, strata = df_compare$Species) 

Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Site       4    2.4385 0.60962  3.5761 0.20061  0.001 ***
Residuals 57    9.7169 0.17047         0.79939           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

私の結論は、所与の種の微生物群集はサイト間で異なるが、微生物群集は宿主種間で異ならないということです。

私のアプローチは正しいですか、それとも階層の使用を誤解していますか（つまり、ブロッキング）？

または、変数の順序を切り替えたときに、テストを平均化する方法はありますか？

ご存じのとおり、固定係数を反転させて2つのアドニスモデルを実行すると、各係数に割り当てられた分散とP値の両方が毎回異なることがわかります。これは、各要素に関連付けられた自由度が異なる、デザインが不平衡な場合に発生します。
実験の説明から、それは、種がサイトでネストされているネストされたデザインの古典的なケースのように見えます。この場合、探しているモデルは次のようになります
adonis <- adonis(jacc ~ Site / Species, strata = Site, data = df_compare)。
入れ子は、モデルの定式化と階層の両方で指定する必要があることに注意してください（Jari Oksanenによる返信を参照）。