一部の観測値のオフセット変数が0であるカウントデータのモデリング


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私は同僚の学生を助けようとしています。学生は実験的なセットアップで鳥の行動(鳴き声の数)を観察して数えました。各実験中に特定の観察された鳥に起因する呼び出しの数は特定できませんでしたが、記録された呼び出しの数に貢献した鳥の数を数えることは可能でした。したがって、私の最初の提案は、鳥の数をポアソンGLMモデルのオフセット項として含めることでした。そのため、鳥ごとの予想される呼び出し数を当てはめます。

log(0)=infy-Infoffset(log(nbirds))-Inf

私は実際に、「観測されたコール」のための別個の二項モデルがあるハードルモデル(または同様のモデル)が必要だと思います。(またはそうでない)と、呼び出しがあった状況での(鳥ごとの)呼び出し数の切り捨てカウントモデル。オフセット項はモデルのカウント部分にのみ含めます。

R のpsclパッケージを使用してこれを試しましたが、それでも同じエラーが発生します。

mod1 <- hurdle(NumberCallsCOPO ~ Condition * MoonVis +
               offset(log(NumberCOPO)) | 1, data = Data,
               dist = "poisson")

同じRコード(カウントモデルパーツを適合glm.fithurdle()せるためにによって内部的に使用されます)がチェックし-Infているのは、これらの観測に対するモデルの適合に影響を与えるとは思わないからです。(それは正しい仮定ですか?)

NumberCOPO(たとえば0.0001)に小さな数を追加することでモデルをフィットさせることができますが、これはせいぜいファッジです。

この小さな導通補正を追加しても実際には問題ないでしょうか?そうでない場合、Poissonモデルでオフセット変数を使用して値を0にできるデータを処理するときに、他にどのようなアプローチを検討する必要がありますか?私が遭遇したすべての例は、オフセット変数に0が不可能な状況のためのものです。


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この場合、モデルはトートロジーに適合しようとしているようです。0羽の鳥が観察された場合、0羽の鳥の鳴き声も聞こえます。この場合、オフセット0の行にモデルを合わせるのが適切であるとは思いません。
Sycorax氏は、2015

ありがとう、私が下で述べたように、それは私の腸の反応でもあります。以下のBarry(Spacedman)の回答への返信を少し拡大しました。
Gavin Simpson、

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ポアソンレートモデル(つまり、オフセット項を含む)がこれらのケースには不適切であることを示唆するコメントに同意します(そして、多項式などの別のモデルを適用して、これらのケースを組み込む必要があると言っています) 。レートは、ゼロの分母に基づくことはできません。
ttnphns 2015

回答:


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したがって、モデル化する応答は「鳥あたりの呼び出し数」であり、問​​題のある行は鳥を観察しなかった場所です。それらの行をドロップするだけです。モデル化しようとしているものに情報が追加されることはありません。


それも私の腸の反応です。おそらくこれは考えすぎですが、鳥が観察されたものの、鳴らされなかった状況を想定できます。したがって、ハードルモデルですが、内部的にはまだ使用されてglm.fitおり、これらの値がモデルのカウント部分でカウントされない場合でも、ウォブルがスローされます。私は手でハードルモデルを行うこととしたが、私はただの学生に助言、これを行うにはしたくありません。
Gavin Simpson

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ゼロ以外の観測された鳥からのゼロの呼び出しが多数ある場合は、ゼロ膨張ポアソンモデル(または類似のモデル)を実行することができますが、鳥あたりの呼び出し数に関心がある場合、観測されたゼロの鳥とは大きく異なります
Spacedman、2015

この場合、それらの多くはないと思います。0で観測された鳥のデータを破棄し、負の二項式でフィッティングすることは、合理的な最初のステップのようです。
Gavin Simpson

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ポアソンGLMでは、オフセットは単にモデル化されているポアソンレートの乗算スケーリングであり、レートがゼロのポアソンは役に立たないか、意味がありません...

それがSpacedmanが正しい理由です!


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それを(ハードル)手動で(「教訓的/体操的」目的で)実行してみてください。 / Gamma ...、GAM。ここでは「オフセット」変数は必要ないようです。;-)

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