MCMCサンプルからの2D信頼領域の計算


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データに当てはめたモデルの2D信頼領域(1シグマ、2シグマ)をプロットしたいと思います。PyMCを使用して、6つのパラメーターを持つモデルの50k MCMC事後サンプルを生成しました。

私は信頼領域を作成するプロセスが次のようなものであることを知っています:1.)2D空間でサンプルのヒストグラムを作成する2.)等密度の等高線を特定する3.)選択した開始点(たとえば、平均)から外側に向かって積分するサンプルポイントの必要な部分が領域に含まれるまで、等密度コンターに垂直。

numpy / scipy / pymc / pylab / etcの世界で、2D信頼領域プロットを作成する便利な関数はありますか?または、後でプロットするために等高線を計算するコード化アルゴリズムまたはスタンドアロンツールはどこにありますか?

回答:


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