効果コーディングを使用した一般化線形モデルのパラメーターにはどのような解釈がありますか?


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library(lme4)
    out <- glmer(cbind(incidence, size - incidence)
                 ~ period
                 + (1 | herd),
                 data = cbpp,
                 family = binomial,
                 contrasts = list(period = "contr.sum"))

summary(out)
Fixed effects:
            Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -2.32337    0.22129 -10.499  < 2e-16 ***
period1      0.92498    0.18330   5.046 4.51e-07 ***
period2     -0.06698    0.22845  -0.293    0.769
period3     -0.20326    0.24193  -0.840    0.401

私は私が(コーディング効果と一般化線形モデルにフィットするために必要な状況ではなかったcontr.sumためR、ユーザーが)。線形モデルの場合と同じ解釈を適用できますか?通常の線形モデルでは、切片は総平均と s(、、およびのパラメーター)であり、因子レベルが総平均からどのように逸脱するかを示します。βperiod1period2period3period4 = (Intercept) - period1 - period2 - period3

これが、一般化線形モデルの類似の解釈がどのように行われるかを私が考える方法です。(私はすべてのパラメーターをべき乗するので、log-odds(-ratios)をodds(-ratios)に変換します。)切片は、成功と失敗の全体的なオッズになります(ここでは古典的な二項用語に固執します)、はlog-odds-ratiosです。そして、例えばを指数をすることにより、オッズを取得し:。ある本当に全体的な/中オッズと sがexp((Intercept))βperiod1(Intercept)+period1exp((Intercept)+period1)(Intercept)βオッズ比

回答:


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効果のコーディングでは、要約テーブルsummary(out)の切片は、ケースの4つの期間すべての平均ロジット(対数オッズまたは対数オッズ比)であり、他の各効果は、平均ロジットに関連する対応する期間。

現在の結果を、データのダミーコーディングなどの別のコーディング方法と比較することで、解釈を簡単に検証できます。

out2 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence)
                 ~ period
                 + (1 | herd),
                 data = cbpp,
                 family = binomial,
                 contrasts = list(period = "contr.treatment"))

summary(out2)

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私は切片ではないと主張したいオッズ比ではなく、平均オッズのみ係数(「S)であるオッズ比。(累乗後に)あなたの平均オッズを与え、あなたは、例えばの対数オッズ比追加したときにの対数オッズにし、この合計値を累乗のオッズがあり。私はオッズ比オッズを本当に離しておくことが重要だと思います。前者はオッズの比率であり、後者は成功と失敗のオッズです(二項モデルで)。β(Intercept)期間1(切片)期間1
lord.garbage 14

あなたのコメントをペットにして、私は私の答えを少し編集しました。それが今より良いかどうかを確認してください。
ブルーポール、2014
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