GLMMのanovaタイプIIIテスト


9

Rパッケージのglmerモデルを装着していlme4ます。p値が表示されたanovaテーブルを探していますが、それに適合するパッケージが見つかりません。Rでそれを行うことは可能ですか?

私が適合しているモデルは次の形式です:

model1<-glmer(dmn~period*teethTreated+(1|fullName), 
   family="poisson", 
   data=subset(dataset, 
          group=='Four times a year'),
   control=glmerControl(optimizer="bobyqa"))

回答:


9

Waldテストを受け入れてもかまわない場合、これでうまくいくはずです。

library(lme4)
library(car)
gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd),
                   data = cbpp, family = binomial)
Anova(gm1,type="III")

ただし、(から?Anova)次のことに注意してください。

「タイプII」および「タイプIII」という表記はSASから借用したものですが、ここで使用されている定義は、SASで採用されている定義と正確に対応していません。タイプIIテストは、周辺性の原則に従って計算され、用語の高次の親族を無視することを除いて、各用語を他のすべての用語の後にテストします。いわゆるタイプIIIテストは周辺性に違反し、モデル内の各項を他のすべての後にテストします。Type-IIテストのこの定義は、すべての予測子が因子であるが、より一般的ではない(すなわち、定量的予測子がある場合)分散分析モデルのためにSASによって生成されるテストに対応します。タイプIIIテストのモデルを公式化する場合は十分に注意してください。そうしないと、テストした仮説が意味をなさなくなります。

私はあなたの結果を非常に注意深くチェックして、それらが理にかなっていることを確認します!

または、を使用afex::mixedして、尤度比テストまたはパラメトリックブートストラップを介して類似のテーブルを取得できます。後者が最も正確ですが、はるかに遅いです。

GLMMのコンテキストでのp値計算のより一般的な説明については?pvalueslme4パッケージを参照してください。

弊社のサイトを使用することにより、あなたは弊社のクッキーポリシーおよびプライバシーポリシーを読み、理解したものとみなされます。
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.