回答:
Perlがバイオインフォマティクスに非常に役立つのは、1）比較的簡単に学習できる言語、2）bioPerlを含む既存のスクリプトがたくさんある、3）作業するラボが数百のスクリプトとモジュールを持っていることです。 、すでにPerlで記述されています。
プログラマーのレベルは言語の選択とは関係がなく、それから彼に求められているタスク。高度なジョブまたは計算コストの高いジョブは、通常JavaまたはCで記述され、クラスターで実行されます。
バイオインフォマティクスについて理解することの1つは、それが多様な分野であり、それを実践する人々に多様なタスクが求められることです。Perl、R、Javaを1日で使用するのは私にとって珍しいことではありません。スクリプト作成、ファイルの移動、物のダウンロード、いくつかの基本的なデータ分析などのためのPerl、データの視覚化のためのR、およびアルゴリズムの計算/アプリケーションの操作と変更のためのJava。そうは言っても、私が行うほとんどのタスクはPerlの使用を必要としますが、Rubyに切り替えたいと思います。より高度な関数であるラムダとプロシージャがあり、より簡潔なコードにつながり、完全にオブジェクト指向です。
Perl固有の美徳は別として、これの一部は単なる歴史です。世紀の変わり目には、ヒトゲノムプロジェクトにより、バイオインフォマティクスが大幅に拡大しました。当時、Perlは一般的に最も人気のあるスクリプト言語でした。RubyとPythonは確かに存在していましたが、今日のサポート/マインドシェアはほとんどありませんでした。これにより、Perlはこの分野で大きな勢いを得ました。
バイオインフォマティクスにおけるPerlの使用は減少しており、Rの人気は急速に高まっていると思います。ただし、名前を付けたい言語については、おそらくそれを使用したバイオインフォマティクスラボを見つけることができます。
多くの人が重要な点を見逃していると思うので、ここに答えを追加します...
Perlはもともとテキスト処理言語であるため、バイオインフォマティクスで人気があります。
Perlを使用すると、次のことが簡単にできます。
また、次の利点もあります。
Cと同等の速度で実行する処理プログラムを作成することはできませんが、開発時間は大幅に劣り、テキスト処理（強力な正規表現など）に関してはバッテリーが付属しているため、簡単です。これらのタスクを解決するために、ラボコンテキストで取り上げて使用します。
また、明らかに：
しかし、そもそもPerlに非常に多くのバイオインフォマティクス（および一般に科学的）拡張およびモジュールがある理由は、上記の理由によるものです。非常に多くの場合、言語の設計と能力は、（多くの可能性のあるgrみにもかかわらず、それに対して耐えることができる）仕事にほぼ完璧に適合させます。
これにより、特に処理するデータがほとんどテキスト形式である分野では、Perlは科学研究の優れた候補になります。
もちろん、他の言語が出現し、さまざまな理由で市場占有率を主張しています（表現力の向上、読みやすさの向上、あいまいなハックやグルっぽいワンライナーの明示的な回避...）、それでも特定の側面でPerlと競合しています（Rubyはたとえば、データの処理が遅いのと同じくらい速く学習できます）。したがって、テキスト形式、クイックリサーチサイクル、およびますます大きくなるビッグデータ（ありがとう、ゲノミクスとNGS）を扱うバイオインフォマティクス（またはNLP）の領域では、Perlは依然として非常に重要です。
実際、maple_shaft、Charles、およびgeoffjentryのコメントに気付いただけで、正規表現の重要性についても言及しているので、誰もがこれを見過ごしていたわけではありません。:)