それは本当にそれがどのようなデータであるかに依存し、おそらく個々のファイルについてさえ、ケースバイケースで決定されるべきです。それらのファイルの内容を見てください。多くの場合、あなたは彼らが何を意味するかを言うことができます。IDEのウィンドウの位置やサイズのようなものは、ソース管理では必要ありません。
ただし、一部のIDEプロジェクトファイルは重要なプロジェクトメタデータです。私はNetbeansをよく知りませんが、Eclipseの場合、.projectファイルはIDEにプロジェクトの名前、Java Webプロジェクトなどであることを伝え、.classpathファイルにはソースフォルダーとライブラリに関する情報が含まれています。.settingsディレクトリ内のいくつかのファイルも同様に重要です。たとえば、org.eclipse.core.resources.prefsには、どのファイルにどのエンコーディングを使用する必要があるかに関する情報が含まれています。
プロジェクトのメタデータとして、これはソース管理でバージョン管理するに値するものです。
一部のIDEは、他のIDEからプロジェクトメタデータをインポートできます。特定のIDEに関連付けられていない形式にすることをお勧めします。
Javaには、Mavenのようなものがあります。これは、プロジェクトの構造に強力な規則を課し、プロジェクトのメタデータ(ライブラリの依存関係など)を1点(プロジェクトのメインディレクトリにあり、もちろんソース管理にあるpom.xmlと呼ばれるファイル)で指定できます。その後、Maven構成からIDEプロジェクトファイルを作成するプラグインと、プロジェクトのビルドプロセスを自動化したり、ほとんど何でもできるプラグインがあります。場合によっては、物事が不必要に複雑になり、習得に時間がかかるように感じることがありますが、そのメリットは一般的に価値があります。