回答:
それは人間が読みやすいためだけでなく、32ビットアプリを64ビットから分離するプログラム上の理由がたくさんあります。「Common Files」フォルダーを検討してください。同じ名前のファイルにCommon Filesフォルダーを使用する32ビットアプリと64ビットアプリがある場合は、最初にインストールされたものをホースします。また、Windowsがこれらのフォルダーをアプリ自体に表示する方法にも違いがありますが、それらについて十分に説明できるほど詳しくはありません。
最後に、これは普遍的にネイティブな64ビットアプリへの移行における多くのステップの最初のステップです。フォルダーを別々に表示すると、開発者とユーザーの両方に区別が表示され、32ビットの "Program Files（x86）"は奇妙な男です。
質問で書いたように、これらのフォルダーは32ビットおよび64ビットアプリケーション用の明確なデフォルトのセットアップディレクトリです。
興味深いハイブリッドセットアップはSQL Server 2005です。64ビットバージョンをインストールすると、メインのSQLエンジンファイルがProgram Filesフォルダーにコピーされ、32ビットのみのツールが「Program Files（x86） 」
理由は、32ビットプログラムファイルと64ビットプログラムファイルを区別するためです。64ビットWindowsインストールで32ビットプログラムを実行すると、Windowsは％ProgramFiles％[英語版のC：\ Program Files]のプログラムからのフォルダーリクエストをx86の代替[C：\ Program Files（ x86）]。このサイレントリダイレクトにより、64ビットと32ビットのプログラムは互いに干渉することなく共存できます。（たとえば、64ビットWindowsには、64ビット版と32ビット版の両方のInternet Explorerが含まれています。）Windowsは、独自のファイルとレジストリキーに対しても同様のリダイレクトを実行します。