「証明書の種類に基づいて証明書ストアを自動的に選択する」の根拠は何ですか？

これは単なる推測ですか？これらのリンクはどちらも、この質問に関する店舗の選択について言及していません。

いいえ、それは推測ではありません。キーには、証明書のタイプとその使用方法を示すフィールド（私がリンクしたフィールド）があります。Windowsは、それに基づいてそれを格納する場所を正確に把握できます。たとえば、クライアント証明書の場合は、個人ストアに配置します。証明書を使用して他の証明書に署名できる場合は、中間証明機関ストアに移動します。

まだまだあるのかな？拡張キーの使用法が「クライアント認証（1.3.6.1.5.5.7.3.2）」のみであるクライアント証明書をインポートしようとしたところ、Windowsが自動的に中間認証局ストアを選択しました。私の場合、決定は、キーの使用法ではなく、関連付けられた秘密キーを持っているかどうかに基づいているようでした。