回答:
ユーザーのホームディレクトリはどのようにマウントされますか?何らかの理由で、ユーザーがログインしていない場合、ユーザーのホームディレクトリは利用できないため、sshdはauthorized_keysファイルを見つけることができません。
また、サーバーの/var/log/auth.logでメッセージを確認してください。
更新:パスワードなしのログインが必要な場合は、sshd_configファイルを変更して、暗号化されていないディレクトリでauthorzied_keysを探すことができます。 http://www.openbsd.org/cgi-bin/man.cgi?query=sshd_config&sektion=5
私はこのようなものがうまくいくと思います(テストされていません):
AuthorizedKeysFile /etc/ssh/pubkeys/%u/authorized_keys .ssh/authorized_keys
これにより、sshdに、暗号化されていない場所と暗号化された場所の両方で公開鍵を確認するように指示します。詳細については、manページを確認してください。