回答:
コンソールはすべて問題なく機能しますが、サーバーを管理するのが自分だけではない環境にいる場合は、すべてのユーザーが使用できるわけではないため、インターフェイスを使用できると便利です。すべてを実行するためのCLIの知識、およびGUIは、物事をはるかに速くすることができます。
cPanelは、ウェブサーバーを実行している場合は優れていますが、それ以外では、それだけでは十分ではありません。Webminは優れており、物事を簡単に実行するための多くの能力を提供し、必要に応じて大まかなコマンドラインにアクセスすることもできます。そのためのモジュールにより、他のサービスに拡張することもできます。
個人的には、軽いGUIを実行するのは好きではありません。Fluxboxのようなものでも、私がスペースを取りたいと思っているより多くのリソースを必要とします。また、リモートアクセスする方法も必要です。SSHとWebminの組み合わせで十分だと思います。
ただし、私が作業しているマシンのほとんどはVM（かなり低電力のマシンで実行されている）または古いサーバーのいずれかであり、それらの場合、無駄にする余力はありません。優れた高出力マシンのラックがあり、GUIで速度を上げたい場合は、それを試してみてください。ただし、それなしで実行することを学ぶ価値はあります。タイピングを何度も繰り返している場合は、エイリアスの使用も検討してください。
「私にとってCPanelまたはWebminの問題は、特定のアプリケーションバージョン、特定の構成構造などへの依存性です。」
これはcPanelにも当てはまりますが、Webminには当てはまりません。Webminは、管理するすべてのサービスのほぼすべてのバージョンをサポートします。通常、新しいバージョンが安定する前に（通常、初期のベータ版または開発サイクル中にサポートを追加します）。たとえばSquid 3.0は、だれもがSquid 3.0を使用する前の5年でサポートされていました...極端なケースです。
「Webminは優れた例です。古くて信頼できなくなったため、主要なDebianリポジトリから削除されました。」
Webminが古くなり、信頼性が低下することはありません。Debianパッケージは古くなり、保守されなくなり、誰もそれを保守するためにステップアップしませんでした。完全に異なる状況。Webminはリリースなしで3か月以上経過したことはほとんどなく、リリースサイクルは今やその歴史のどの時点よりも速くなっています（約2か月ごと）。Webminはおそらく最終的にDebianリポジトリに戻るでしょう（私たちの1人がそれを維持するためにボランティアする時間/傾向があるとすぐに）。
とにかく、コマンドラインは完全に快適で、サーバーのメンテナンスにはWebminとsshの両方を使用しています。私がWebmin開発者の1人である（プロジェクトに参加する前はユーザーであった）だけでなく、多くの素晴らしい利点を提供するからです。
サーバーを管理している場合は、コマンドラインでの作業方法を知っている必要がありますが、ツールを使用してユーザーを支援し、生活を楽にすることは害になりません。
つまり、コマンドラインやコントロールパネルを選択する必要はありません。少なくともWebminではそうではありません。構成ファイルを解析して理解し、コメントやファイルの順序などを尊重します。ほとんどすべてのタスクでWebminとコマンドラインを使用することは完全に安全です。
私にとって、サーバーに必要なのはコンソールだけです。SSHを使用すると、リモートアクセスが可能になり、必要なすべてのタスクを実行できます。
ほとんどのサーバー（httpdなど）で実行されるデーモンはGUIを必要とせず、サーバーハードウェア自体はシェルのみを実行するようにレイアウトされています。サーバーオペレーティングシステム（OpenBSD、FreeBSDなど）では、Xを自分でインストールする必要があります。
GUI（およびそれぞれX）がないセキュリティの観点からすると、ソフトウェアのインストールが少なく、おそらく欠陥があり、攻撃または侵害される可能性があるという利点があります。
すべてのLinuxサーバーはを介して使用されsshます。構成ファイルの編集（vim）、サービス管理などにより、そのように簡単です。「繰り返しの多い入力」については、1つのスクリプトでどれだけのクリックを節約できるでしょうか。
私にとってCPanelまたはWebminの問題は、特定のアプリケーションバージョン、特定の構成構造などへの依存性です。使用しているソフトウェアにバグを見つけた場合はどうなりますか？サーバーでソフトウェアを更新する前に、まずパネルプロバイダーがソフトウェアを更新するまで待つ必要があります。そうしないと、パネルが提供する機能の一部（またはすべて）が失われる可能性があります。Webminは優れた例です。古くて信頼できなくなったため、メインのDebianリポジトリから削除されました。
そして、何か問題が発生してコントロールパネルが応答しなくなった場合は、とにかくコンソールを使用する必要があるので、そもそもそれに固執しないでください。これにより、システム内の不要な障害ポイントを排除できます。
サーバーを手動で管理する場合（最近はそれほど頻繁ではありませんが、以下を参照）、通常はSSH経由でログインします。私は仮想化システム（libvirt / kvmおよびvmware）でほぼ排他的に作業しているため、ネットワークアクセスがまだ利用できない場合は、通常、ホストサーバーのVNCを介して「コンソール」にアクセスできます。
GUIは、依存関係ツリーで指示されている場合、インストールする一部のパッケージの副作用としてインストールされます。GUIを介してログインを無効にするため、これは一般的なセキュリティの問題ではありません。ほとんどの場合、依存関係はとにかく開発ライブラリです。
私はそれらのどちらも使用したことがなく、気にする理由も見たことがありません。
GUIが必要な場合は、必要なものを提供する最も軽量なツールを使用します。ただし、「1回のクリックで繰り返し入力する回数を減らすことができる」とも述べています。これは別の問題を完全に引き起こします：
オートメーション。
自動化は最近のホットな話題であり、OpscodeのChef（およびReductive LabsのPuppet）のようなツールが非常に人気を集めています。最近のシステム管理者は、反復的なタスクの時間を節約し、「運用効率」を向上させるために、そしてそれがとても楽しいので、自動化を採用する必要があります:)。私は最近、サーバーを手動で管理する頻度が減ったと言いました。これは、ほとんどの時間を、Apache2やRuby on Railsなどのサービスを管理してアプリケーションをデプロイするChefレシピを書くためです。
何年もの間、システム管理の著者は自動化を宣伝しましたが、過去に本当に素晴らしいツールはありませんでした。各システム管理者には独自のツールボックスがあり、特定の環境または会社向けに大幅にカスタマイズされていました。これで、同じツールを使用して、新しい環境や現在の会社に関連するパーツをカスタマイズできます。これにより、再利用性の範囲が広がり、雇用主（またはクライアント）にとってより価値のあるものになります。