回答:
これら2つは混同しやすく、多くの場合、用語は同じ意味で使用されます。
仮想ディレクトリは、ディスク上の別の場所へのポインタにすぎません。親フォルダーとは異なるディスク上の固定パスを指します。
アプリケーションは、異なるフォルダー間の境界です。ASP.NETはこれを使用して、新しいAppDomainルート（またはアプリケーションルート）を作成します。アプリケーションルートは、別のglobal.asax、binフォルダー、およびその他のapp_ [folders。]を使用します。
IIS6およびIIS7では、仮想ディレクトリを作成した場合、デフォルトではアプリケーションではありません。ASP.NETは、親フォルダーと同じAppDomainに配置します。
IIS6では、右クリックして[プロパティ]から[作成]を選択することで、仮想ディレクトリまたは通常のフォルダーをアプリケーションに変換できます。
IIS7では、オプションの名前は異なりますが、バックグラウンドでは同じです。仮想ディレクトリを作成すると、まだ親のAppDomainの一部であるvdirを作成できます（アプリケーションではありません）。
「アプリケーションの追加」オプションは、実際には仮想ディレクトリを作成し、それをアプリケーションとしてマークします。（パスを指定できることがわかります）。
既存のフォルダ（またはvdir）を右クリックして、アプリケーションに変換することもできます。これは、既存の通常のフォルダーまたは仮想フォルダーにアプリケーション境界を作成する方法です。
また、確認することもできます。ご存知ですか：IIS 7 / 7.5での仮想ディレクトリとアプリケーションの違い
編集済み：リンクが切れているため、サイトを引用します。
IIS 7 / 7.5では、仮想ディレクトリとアプリケーションを作成するオプションがあります。
仮想ディレクトリとは何ですか？
仮想ディレクトリは、ローカルの物理ディレクトリまたはリモートサーバー上のディレクトリにマップされるディレクトリです。仮想ディレクトリでは、そのコードが親プロセスと同じワーカープロセスで実行されます。Webサイトと仮想ディレクトリのアプリケーションプールは同じです。
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アプリケーションとは何ですか？
アプリケーションは、別のアプリケーションプールでアプリケーションを実行するオプションがあることを除いて、仮想ディレクトリと同じです。
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注：これは、上記のスクリーンショットがapplicationhost.configでどのように見えるかです。
仮想ディレクトリは、ローカルマシンまたはリモートサーバーのフォルダーを指しているだけ、または参照しているだけです。IISの既定のWebサイトの下に仮想ディレクトリを作成する場合。内部の問題によってデフォルトのWebサイトがクラッシュした場合、仮想ディレクトリにアクセスできないとします。
Add applicationは、プロトコルを介してコンテンツを配信したり、サービスを提供したりするファイルのグループにすぎません。アプリケーションはアプリケーションプールに属しています。何らかの問題によりデフォルトのWebサイトがクラッシュしたと仮定すると、アプリケーションプールに属するアプリケーションには影響しません。