ソフトウェアを重視した論文を出版するための会場

35

ソフトウェアは計算科学の基本的な部分であり、科学記録の重要な部分としてますます認識されています。既存の十分にテストされたコードを使用することの価値を考えると、有用なコードの存在をできる限り広く伝え、その作成者を称賛することは価値があると思われます。アカデミックな環境では、これは主にソフトウェアに焦点を合わせたいくつかの論文を発表することを意味します。

計算ソフトウェアを主な焦点とする学術作品はどこで出版できますか？完全に明確にするために、私は新しい数学、アルゴリズムなどを含まないかもしれない作品に言及しています。それらは本当にソフトウェアに焦点を合わせています。

また、これらのジャーナルにそのような論文を提出した人々から、その体験がどのようなもので、どの会場が推奨されているかを聞くことにも興味があります。

与えられた回答の要約：

software  publications 
— David Ketcheson
ソース
1
最終的に私たちのコミュニティのために登場し、あなたはMODであるため、受け入れ率は非常に低くなります。また、これは、可能な正に正解がない場合の質問のようです-おそらくそのCW飼料？
— フォマイト
無料でソフトウェアを公開できるジャーナルとは何ですか？私は自分のソフトウェアを（科学の一般領域）で公開することにしましたが、ほとんどのジャーナルでは多額の支払いが必要です。
— Eular

回答:

5

リストするアプリケーション固有のジャーナルは他にもいくつかあります。たとえば、Journal of Computational PhysicsやComputer Physics Communicationsなど、アルゴリズムとそれらの実装に使用されるソフトウェアの両方に関する記事を受け入れます。化学分野の場合は、Journal of Chemical Theory and Computationを検討することもできます。これらはすべて、パッケージの公開を許可します。これまでに説明したコードを使用しました。コンピューターと化学工学では、ソフトウェアの実装に関するペーパーを使用できますが、独自の何かを行う必要があります。「インクリメンタルアドバンス」ペーパーにすることはできません。

— aeismail
ソース
Computers and Chemical Engineeringの目的と範囲によると、「ソフトウェア実装のレポートは、最先端のコンピューティングテクノロジーの新しい使用法を特色にする必要があります。」そのフレーズだけでは、どれだけ進歩すれば何かが斬新になるのかは明確ではありませんが、ジャーナル自体にはたくさんの例があります。
— ジェフオックスベリー
ソフトウェアに重点を置いているJCP論文を教えてください。
— デビッドケッチャソン
アンダーソン等。HOOMDを基本的に立ち上げた論文です。彼らはコードよりも「実装」に重点を置いていると言えるかもしれませんが、ある時点では、この2つを完全に別個のものとして扱うのは困難です。
— aeismail
うーん、はい、質問を書いたとき、私はパフォーマンス指向の論文を考えていませんでしたが、それは灰色の領域です。
— デビッドケッチャソン
4

エンジニアリングソフトウェアの進歩は優れたものであり、アプリケーションはかなり異なります。

統計ソフトウェアのジャーナルは、ソフトウェアに焦点を当てて別のものですが、アプリケーション固有のものです。これでたくさんのR。

私はこれらのいずれにも出版したことがないので、その経験について話すことはできませんが、私はそれらをフォローし、記事が良質であると思います。

— バロン
ソース
4

いくつかのソフトウェアペーパーを公開しました。1つはBMC Source Code in Biology and Medicine- The Multiscale Systems Immunologyプロジェクト：細胞ベースの免疫学的シミュレーションおよびPLoS ONE- SNPpy-Genome Wide Association StudiesからのSNPデータのデータベース管理のためのソフトウェアです。

これらは2つの非常に異なるプロジェクトです。前者は、免疫学システムをモデル化するために書かれたシミュレーションエージェントベースのシステムであるため、計算生物学に属します。後者は、GWASコンテキストでSNPデータを管理するデータベースベースのシステムであるため、バイオインフォマティクスに属します。

出版体験に関する限り、待ち時間は数学の論文と比較して短く、良いものでした。レビュアーは苦労しませんでしたが、それも良かったです。短所として、ソフトウェアペーパーの公開にはめちゃくちゃ時間がかかります。ユーザーのドキュメントはもちろんのこと、ペーパーと対処するコードベースがあります。

気がかりなことの1つは、レビュー担当者が実際にソフトウェアを実行しようとしていた証拠がほとんどないことと、コードの設計を理解したり、コードを見た証拠がまったくなかったことです。上記の両方のジャーナルには、それぞれ2つのレビューアレポートがありました。前者（BMC）の場合、1人のレビュアーがソフトウェアのインストール/実行を試みて失敗したことを示しましたが（私たちが対処した問題）、4つのレビューのうち、実際のソフトウェアについて特に言及しているのはそれだけでした。ほとんどのコメントは、より一般的であり、科学的な問題と私が論文で述べた点について述べています。全体として、私はレビュアーがほとんど論文を読んだだけだと感じました。理想的な世界では、レビュアーはソフトウェアの設計とコードの詳細にもある程度関心を持ち、パフォーマンス、依存関係、移植性、拡張性、およびテスト。SNPpyのレビュー担当者は、移植性と拡張性について尋ねました。このソフトウェアは移植性と拡張性の両方を備えていると論文で主張しましたが、実際にコードを見たとは思いません。公平を期すと、自明ではないコードベースが何であるかを知ることは大変な作業であり、おそらく無報酬のレビュー担当者に合理的に期待される以上のものです。

これらの論文の両方にLaTeXを使用しました。PLoSの場合、実際にはLaTeXを使用せず、変換プログラムを実行していたため、原稿を望みどおりに見せるためにフープを非常に多くジャンプしました。PLoSは、TikZを使用して行われた数字の変換を台無しにしましたが、非常に素晴らしかったのですが、バージョンを見るとわかりません。PLoSが原稿の証拠を提供しないことも注目に値します。

— ファヒム・ミサ
ソース
4

計算化学のジャーナル（特別記事節）と量子化学の国際ジャーナルは、ソフトウェアとアルゴリズムに関する報告書。

— デスブレス
ソース
Journal of Computational Chemistryの目的と範囲には、そのようなものは見当たりません。ジャーナルのソフトウェア論文の例を指摘できますか？
— デビッドケッチャソン
ソフトウェア専用の「ソフトウェアニュースと更新」セクションがあります。「特別な記事タイプ」の下にある著者のガイドライン（onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1096-987X/…）を参照してください。
— -khinsen
JCompChemは、大きなソフトウェアパッケージの更新を報告する場所ですが、アルゴリズムの作業に最適な場所とはほど遠いです。IJQCは、過去20年間でかなり低下しています。最近では3層または4層のジャーナルです。ソフトウェアまたはアルゴリズムの作業はほとんど報告されておらず、比較的面白くない傾向があります。
— ジェフ
3

私がこのリストにまだ載っていない2つは、ある時点で私以外の誰かに興味があるかもしれませんが、American Journal of Epidemiology and Epidemiologyです。

疫学者が関心を寄せる何かを達成するための賢いソフトウェアを書いたなら、彼らはそれを非常によく公開するかもしれません。SASマクロに関する最近の少なくとも短い記事で、やや洗練された統計分析、結合点回帰を実行するプログラム、および有向非循環グラフでフィールド固有の処理を実行するプログラムを見てきました。

言及された出版物の1つは疫学にありました：http : //journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

どちらのジャーナルも、ソフトウェアに関する記事を探しているとは言いません-ソフトウェアではない分野の分野固有のジャーナルであるが、ソフトウェアを含む分析は珍しくなく、リンクはその例です完全にソフトウェア製品に焦点を当てた記事。

AJE：

疫学的または統計的手法の実際的な適用（統計的手法の実施やインタビュー戦略の評価など）を扱った論文は、疫学の実践というタイトルのセクションに掲載されています。

疫学：上記の記事は手紙として発行されました。また、友好的な同僚や興味のある分野の人がいる場合は、ソフトウェアレビューも受け入れます。

私は彼らがコードを使って電子サプリメントを奨励しているという事実を知っており、Githubリポジトリへのリンクで少なくともそこにレビューしたものがありました。

— フォマイト
ソース
特定の例へのリンクを提供できますか？ジャーナルの説明にはソフトウェアに関するものは何も表示されません。
— デビッドケッチャソン
@DavidKetcheson要求
— どおり
3

Journal of Machine Learning Research（JMLR）には、「Machine Learning Open Source Software」トラックがあります。それはかなり選択的です（これは良いことだと思います）。このジャーナルは完全に無料で（著者および読者向け）、ボランティアによって運営されています。

— ガエル・ヴァロクオー
ソース
3

数理最適化協会は最近ジャーナルを立ち上げました

数学プログラミング計算

彼らの「目的と範囲」から：

Mathematical Programming Computation（MPC）は、数学的最適化における計算の問題をカバーするオリジナルの研究記事を公開しています。革新的なソフトウェア、比較テスト、モデリング環境、データのライブラリー、および/またはアプリケーションに関する記事が報告されています。このジャーナルの主な特徴は、提出された原稿に付随するソフトウェアとデータを含めることです。

トピックに関して、彼らは次のように書いています。

MPCで扱われるトピックには、線形計画法、凸最適化、非線形最適化、確率的最適化、ロバスト最適化、整数計画法、組み合わせ最適化、グローバル最適化、ネットワークアルゴリズム、モデリング言語が含まれます。

— ダーク
ソース
3

科学と工学のコンピューティングも別のオプションです。これは、科学雑誌（査読された特集記事）と雑誌（査読されていない通常のコラム）のハイブリッドです。読者が興味深いと思われる記事を公開しています。したがって、ソフトウェアに関する記事には、使用する特定のテクニックなど、ソフトウェア自体よりも幅広い読者に役立つ興味深い資料が含まれている必要があります。

おそらく、私はこの雑誌の編集委員会のメンバーであることを付け加えるべきです。

— キンセン
ソース
0

いくつかのアプリケーション固有のジャーナルがあります

コンピューターと地球科学、コンピューターと流体、コンピューターと構造、

等

— スタリ
ソース
1
それらのソフトウェアに関する記事を公開できますか？彼らの「狙いとスコープ」から私には明らかではありません。記事には新しいアルゴリズムや新しいアプリケーションが含まれると予想されているようです。
— デビッドケッチャソン
弊社のサイトを使用することにより、あなたは弊社のクッキーポリシーおよびプライバシーポリシーを読み、理解したものとみなされます。
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.