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RStudio経由でRを更新するにはどうすればよいですか？

275 r  rstudio 

管理者としてではなく、Windows上でRを実行しています。パッケージをインストールすると、次のコマンドが機能しません。 > install.packages("zoo") Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning in install.packages : 'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable パッケージをインストールするには、ライブラリの場所を指定する必要があります。 install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages") パッケージをロードするには、ライブラリの場所も指定する必要があります。 library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages") これらはすべて問題ありC:/software/Rpackagesませんが、どうにかしてライブラリパスに追加して、毎回入力する必要がないかどうかを確認したかったのです。 オンラインで検索したところ、これを行う1つの方法は、Rprofile.siteファイルを編集して行を追加することでした。 .libPaths("C:/software/Rpackages") ただし、これを実行してRStudioを起動すると、これは私が取得する出力です > .libPaths() [1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" .libPaths私が追加したコマンドは、Rprofile.site任意の効果を持っていたようには見えません！これはなぜですか？さらに重要なことに、ライブラリの場所を入力せずにパッケージをインストールおよびロードできるように、問題をどのように修正できますか？ 注：RStudioを起動すると、.libPaths()コマンドは想定どおりに機能するようです .libPaths("C:/software/Rpackages") > .libPaths() [1] "C:/software/Rpackages" "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" 変じゃないですか？

206 r  rstudio  r-faq  library-path 

私はR-Studioを介してKnitrを使用してきましたが、それはかなりすっきりしていると思います。ちょっとした問題があります。R-Chunkでファイルをソースすると、knitrの出力に次のような外部コメントが含まれます。 + FALSE Loading required package: ggplot2 + FALSE Loading required package: gridExtra + FALSE Loading required package: grid + FALSE Loading required package: VGAM + FALSE Loading required package: splines + FALSE Loading required package: stats4 + FALSE Attaching package: 'VGAM' + FALSE The following object(s) are masked from …

197 r  markdown  knitr  rstudio  r-markdown 

との違いを高レベルで理解しようR MarkdownとしていR NoteBookます。私はそれらが相互に関連していることを知っていますが、それらがどのように関連しているかを理解したいと思います。私の理解はこれです： 私はR Notebookが本当にR Markdown文書であることを知っていますが、用語について混乱しています。 RStudioの新しいファイルオプションには両方がR MarkdownありR NoteBook、どちらかを選択するとR Markdownファイルが開きますが、わずかな違いがあります。それでは、なぜ2つのオプションがあり、その2つのオプションの違いは何かを理解しようとしていますか？ R Notebookが新しく導入され、R Markdownがしばらく前から存在していることを理解しています。混乱の一部は、R MarkdownR Notebookが導入される前に使用したことがないために発生する可能性があるため、私の関連する質問またはより具体的な質問は R NoteDownはR MarkDownを使用する場合とは異なる方法で何をしているのですか、またはR NoteBookがもたらす新しい機能は何ですか？ 私のウェブ検索のヒットはすべて、R NotebookがR Markdownを使用していることを示していますが、2つの違いが特に何であるかはわかりませんでした。

136 r  rstudio  knitr  r-markdown  rnotebook 

最近、OSX Mountain LionからYosemiteに、およびR 3.1.3から3.2に「アップグレード」しました。アップグレード直後にRまたはRStudioを開くと、Java 6をインストールする必要があることを示すポップアップメッセージが表示されました。さらに、rJavarJavaに依存するパッケージ（またはなど）をロードすると、xlsxRStudioがクラッシュしました（Rもクラッシュしました）私がR.app直接開いてこれを試したとき）。 Stack Overflowやその他の場所で見つかったいくつかの修正を試した後（詳細は以下を参照）、ロードrJavaまたは依存するパッケージrJavaがRをクラッシュさせなくなりましたが、次のエラーが発生します。 library(rJava) Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so Reason: image not found Error: package or namespace load failed for …

122 java  r  rstudio  rjava  macos-high-sierra 

マークダウンドキュメントの作成にRStudioを使用しており、ユーザーが関連するセクションをクリックして読むことができるように、ドキュメントの上部に目次（TOC）を追加したいと考えています。rpubsにいくつかの関連する例がありましたが、今はそれらを見つけることができないようです。私は使用しておらずpandoc、Rmd＆はまったく新しいことに注意してくださいknitr。使用せずに目次を追加する方法はありますpandocか？使用するpandoc必要がある場合、どの機能が関連していますか？ 編集 これが小さなサンプルページです： --- title: "Sample Document" output: html_document: toc: true theme: united --- Header 1 --------------- This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>. ## Header 2 When …

88 r  rstudio  r-markdown 

rmarkdown同じドキュメントに縦向きと横向きの両方のレイアウトを持つPDFを生成するためにどのように使用するのだろうか。rmarkdownラテックスを使用するよりもさらに良い純粋なオプションがある場合。 これは、再現可能な小さな例です。まず、これ.RmdをRStudioでレンダリングすると（Knit PDFボタンを押す）、すべてのページが横向きのレイアウトでPDFになります。 --- title: "All pages landscape" output: pdf_document classoption: landscape --- ```{r} summary(cars) ``` \newpage ```{r} summary(cars) ``` 次に、縦向きと横向きのレイアウトを組み合わせたドキュメントを作成しようとします。の基本的な設定は、ここのYAML「含む」セクションに従って行われます。in_headerファイル「header.texは」のみを含む\usepackage{lscape}、のために提案パッケージknitr風景レイアウトこちらを。.texファイルは同じディレクトリにある.Rmdファイル。 --- title: "Mixing portrait and landscape" output: pdf_document: includes: in_header: header.tex --- Portrait: ```{r} summary(cars) ``` \newpage \begin{landscape} Landscape: ```{r} summary(cars) ``` \end{landscape} \newpage More portrait: ```{r} summary(cars) ``` …

84 r  pdf  rstudio  knitr  r-markdown 

Rstudioに奇妙な問題があります。スクリプトがggplot2関数を呼び出してプロットを表示する場合、Sourceを使用してスクリプトを実行してもプロットは生成されません。私はスクリプト全体を選択した場合はCtrl+A、その後、現在の行または選択を実行します（Ctrl+Enter）、そしてプロットはありません表示を。同様に、プロットコマンドをコンソールに入力すると、正しい出力が生成されます。 例えば： library(ggplot2) p = ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) p + geom_point() ソースの場合ではなく、コンソールに貼り付けた場合にのみ出力を生成します。 これについては他にも質問がありますが、どちらも役に立ちません。 ggplot2 ggsave関数により、グラフィックデバイスはプロットを表示しません、問題は新しいバージョンで修正されたと誤って主張しますが、修正されていません。 RStudio-スクリプトで複数のプロットを印刷および保存するときに最初のプロットを保存しないggplotは重複として閉じられましたが、重複ではないだけでなく、dev.off()回避策も機能しません（ " Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)"） スクリプトがソースされたときにRstudioにプロットを表示させるにはどうすればよいですか？Rstudio0.98.1062とR3.1.1を使用しています。

82 r  ggplot2  rstudio 

比較的大きな行列が作成されると、Rstudioはその環境ウィンドウでそれを大きな行列としてマークします。 x <- matrix(rnorm(10000 * 5000), ncol=5000) # Large matrix (50000000 elements, 381.5 Mb) 予想されるmode（）関数は、このオブジェクトに対して「数値」を返します。 mode(x) ## [1] "numeric" ただし、次のコマンドを実行した場合： mode(x) <- "numeric" Rstudioは「大きな行列」を通常の数値行列に変更します。 # x: num [1:10000, 1:5000] では、これらの2つのオブジェクトの違いは何ですか？この違いはRstudioにのみ存在しますか、それともこれら2つのオブジェクトはRでも異なりますか？

8 r  matrix  rstudio