ロードバランシング、モニタリング、自動スケーリングなど、あなたが言及したすべてのことは間違いなく利点です。
ただし、このように考える必要があります。真のサービスとしてのプラットフォーム(PAAS)の目標は、アプリケーションをプラットフォームから分離することです。開発者として、あなたはあなたのアプリケーションだけを心配します。プラットフォームは「レンタル」されます。プラットフォームの「インスタンス」は、自動的に更新、管理、スケーリング、バランス調整などが行われます。WARファイルをアップロードするだけで機能します(少なくとも理論的には)。
EC2自体はPAASではありません。IAAS(Infrastructure as a Service)に似ています。サーバーインスタンスの管理、ソフトウェアのインストール、更新の維持などを行う必要があります。
Elastic BeanstalkはPAASシステムです。他にもApp EngineとAzureがあります。
真のPAASシステムでは、DBMSはWebアプリケーションサーバーとは別のコンポーネントです。理由は明らかです。トラフィックに基づいてインスタンスが作成および破棄されると、DBMSが失われるため、DBMSをアプリケーションサーバーに使用されているインスタンスにインストールできない可能性があります。いずれにせよ、DBMSとアプリケーションサーバーを同じマシン/インスタンス上に置くことは、一般的に良い考えではありません。
PAASシステムでは、DBMSは別個のサービスです。Amazonの場合は、Amazon RDSになります。Elastic Beanstalkと同じように、アプリケーションサーバーについて心配する必要がなく、WARファイルをアップロードするだけで、RDSを使用すると、DBMSについて心配する必要がなく、データベースをデプロイするだけです。
Elastic BeanstalkとRDSは、特にレイテンシが非常に低くなる同じアベイラビリティーゾーンにデプロイされた場合、非常にうまく機能します。
最後に、Elastic Beanstalkを使用しても、デプロイされたリソース(EC2インスタンスとロードバランサー)以外のコストはかかりません。ただし、RDSは安価ではなく、アプリケーションサーバーとDBMSの両方に単一のEC2インスタンスを使用するよりも間違いなく高価になります。