コマンドライン（ターミナル）でRスクリプトを使用する最良の方法は何ですか？

コマンドラインから簡単なプロットを行うためのRスクリプトがあると非常に便利です。ただし、bashスクリプトからRを実行することは、まったく便利ではありません。理想は次のようなものかもしれません

#!/path/to/R
...

または

#!/usr/bin/env R
...

しかし、私はそれらのどちらも機能させることができませんでした。

もう1つのオプションは、スクリプトをRで純粋に保持するscript.RことR --file=script.Rです。たとえば、などでスクリプトを呼び出します。ただし、スクリプトは、コードの一部がスクリプトの外部に存在する不明瞭なコマンドラインスイッチに依存する場合があります。例：ローカルの.Rprofileを介してbashからRにこっそり入れると、目的のスイッチは--vanillaを除いてすべてが意味し--no-init-fileます。

もう1つのオプションは、Rフラグを保存し、簡単に実行できるようにするbashスクリプトで、これによりRスクリプトが呼び出されます。問題は、これが単一のプログラムが2つのファイルに分割され、同期を維持したり、新しいマシンに一緒に転送したりする必要があるということです。

私が現在最も嫌うオプションは、Rをbashスクリプトに埋め込むことです。

#!/bin/bash
... # usage message to catch bad input without invoking R
... # any bash pre-processing of input
... # etc
R --random-flags <<RSCRIPT
# R code goes here
RSCRIPT

すべてが1つのファイルに含まれています。実行可能で、引数を簡単に処理します。問題は、bashとRをこのように組み合わせると、IDEがどちらかで失敗しない可能性がほとんどなくなり、私の心が本当に傷つくことです。

私が見逃しているより良い方法はありますか？

内容script.r：

#!/usr/bin/env Rscript

args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
message(sprintf("Hello %s", args[1L]))

最初の行はシバン行です。/usr/bin/env RscriptRインストールへのパスをハードコーディングする代わりにを使用することをお勧めします。そうしないと、スクリプトが他のコンピューターで壊れる危険があります。

次に、（コマンドラインで）実行可能にします。

chmod +x script.r

コマンドラインからの呼び出し：

./script.r world
# Hello world

少しお試しください。littlerGNU Rにハッシュバン（つまり、＃！/ some / pathで始まるスクリプト）機能を提供し、簡単なコマンドラインとパイプの使用を提供します。

ミゲル・サンチェスの反応は、本来あるべき姿です。Rscriptを実行するもう1つの方法は、システム全体のRScriptを実行するための「env」コマンドです。

#!/usr/bin/env Rscript

#!/path/to/RR自体がスクリプトexecveなので、機能しません。

私が使う R --slave -f script

Rスクリプトへのコマンドライン引数の解析に関心がある場合は、バージョン2.5.x以降、RにバンドルされているRScriptを試してください。

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/Rscript.html

これは機能します

#!/usr/bin/Rscript

しかし、マシンに複数のバージョンのRがインストールされている場合、どうなるかわかりません。

このようにすると

#!/usr/bin/env Rscript

これは、パスの最初に現れるRを使用するようにインタープリターに指示します。

スクリプトの実行に使用しているプログラムにパラメーターが必要な場合は、＃の最後に配置できます。ライン：

#!/usr/bin/R --random --switches --f

Rを知らないので、適切にテストすることはできませんが、これはうまくいくようです：

axa@artemis:~$ cat r.test
#!/usr/bin/R -q -f
error
axa@artemis:~$ ./r.test
> #!/usr/bin/R -q -f
> error
Error: object "error" not found
Execution halted
axa@artemis:~$

この投稿に追加するメモです。のそれ以降のバージョンはいくぶんR埋められているようですRscript。2015年1月にダウンロードしたOSXのR 3.1.2-1の場合Rscript、

/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

したがって、のようなものの代わり#! /sw/bin/Rscriptに、スクリプトの先頭で次を使用する必要がありました。

#! /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

locate Rscriptあなたに役に立つかもしれません。

pythonのrpy2モジュールを使用することもできます。ただし、これを行う「正しい」方法は、R CMD BATCHを使用することです。これを変更してSTDOUTに書き込むことができますが、デフォルトでは.Routファイルに書き込みます。以下の例をご覧ください。

[ramanujan:~]$cat foo.R
print(rnorm(10))
[ramanujan:~]$R CMD BATCH foo.R
[ramanujan:~]$cat foo.Rout

R version 2.7.2 (2008-08-25)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

[Previously saved workspace restored]


 ~/.Rprofile loaded.
Welcome at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> print(rnorm(10))
 [1]  1.5891276  1.1219071 -0.6110963  0.1579430 -0.3104579  1.0072677 -0.1303165  0.6998849  1.9918643 -1.2390156
>

Goodbye at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> proc.time()
   user  system elapsed
  0.614   0.050   0.721

注：--vanillaやその他のオプションを試して、起動時の残骸をすべて取り除いてください。

コマンドラインでクイックRスクリプトを作成するには、smallRを試してください。

http://code.google.com/p/simple-r/

（rディレクトリ内のコマンド）

smallRを使用してコマンドラインからプロットすると、次のようになります。

r -p file.txt

WindowsでMSYS bashを使用すると、次のように動作します-LinuxボックスにRがないので、そこで試すことができません。あなたは2つのファイルが必要です-runrと呼ばれる最初のファイルはファイルパラメータでRを実行します

# this is runr
# following is path to R on my Windows machine
# plus any R params you need
c:/r/bin/r --file=$1

この実行可能ファイルをchmod + x runrで作成する必要がありますます。

次に、スクリプトファイルで：

#!runr
# some R commands
x = 1
x

＃に注意してください！runr行には、コマンドの使用方法、PATH変数の設定方法などに応じて、runrへの完全パスを含める必要がある場合があります。

きれいではありませんが、動作するようです。